肝囊腫是臨床常見疾病，絕大多數為先天性肝囊腫。
先天性肝囊腫是一種良性疾病，絕大部分都不需要處理，只需要定期觀察(B超)。
沒有藥物可以治療和預防，僅合並感染時需抗炎治療。
僅一部分生長較快、囊腫較大(通常以5cm為標准)、伴發感染、出現症狀者需要處理。
先天性肝囊腫處理通常有兩種方法。包括：
①囊腫穿刺硬化術，即B超引導下經皮穿刺入肝，抽盡囊液，注入無水酒精，反復數次，破壞囊內壁，以期不再分泌囊液。
②囊腫開窗術，即通過微創手術(腹腔鏡)在囊腫上充分開窗，讓囊液引流至腹腔，讓囊液引流至腹腔，就可以自行吸收。一般來講，前者適合孤立和相對較小的囊腫，後者適合較大或多發肝囊腫，後者治療徹底性好於前者，但前者僅需局部麻醉，創傷小，而後者通常需要全身麻醉，創傷和費用較大。
少數情況需行肝部分切除術，適用於多發肝囊腫並相對集中，不能排除病變等。如果是多囊肝，並出現肝功能衰竭時，唯一的辦法是肝移植。
