肝囊腫一般是良性單發或多發，與膽相通或不通，一般為肝右葉多發，囊腫因基底膜的改變，逐步形成憩室，或小上皮細胞代謝失常、脫落、異常增殖，或局部缺血、炎症反應、間質纖維化最終小管梗阻形成囊腫，即所謂的肝囊腫。
單發性肝囊腫是指非寄生蟲性的肝髒局部組織呈囊性腫大，其生長緩慢，多數病人無明顯症狀，以膽管上皮囊腫多見，其表現症狀輕微，一般常偶然間發現上腹部無痛性腫塊，或有肝區脹痛、消化系統症狀等，當囊腫長大到一定程度時，可壓迫鄰近髒器，表現相應症狀，若囊腫增大壓迫膽總管則有黃疸，可因囊腫破裂或囊內出血而出現急腹症等。
多發性肝囊腫，多累計全肝，或肝的一葉，一般臨床上以右葉受累較多，多無明顯的臨床症狀，影像及病理學常表現為：肝髒增大變形，肝表面可見大小不一樣的灰白色囊腫，久病者很容易出現肝纖維化和肝管增生；肝切面呈蜂窩狀，囊液多數為無色透明或者微黃色。多發性肝囊腫，當合並膽管狹窄時，患者可出現發熱、黃疸等膽道症狀；當囊腫大於10厘米時，則可出現相應的臨床症狀，此時應以外科治療為主，進行相應治療。
常見的肝囊腫的病因病理：
1、潴留性肝囊腫：為肝內某個膽小管由於炎症、水腫、瘢痕或結石阻塞引起分泌增多，或膽汁潴留引起，多為單個，也可因肝鈍性挫傷，致中心破裂的晚期。病變囊內充滿血液或膽汁，包膜為纖維組織，為單發性假性囊腫。
2、先天性肝囊腫：由於肝內膽管和淋巴管胚胎時發育障礙，或胎兒期患膽管炎，肝內小膽管閉塞，近端呈囊性擴大及肝內膽管變性，局部增生阻塞而成，多為多發。
3、單發性肝囊腫：大小不等，直徑由數毫米至20厘米以上，可占據整個肝葉。囊腫呈圓形、橢圓形，多為單房，亦有多房或帶蒂囊腫。包膜完整，表面乳白色或呈灰色，囊壁厚度0.5~5毫米，囊內液體透明，有出血或膽汁時呈咖啡色，含少量白蛋白、粘蛋白、膽固醇、紅細胞、膽紅素等。
4、多囊肝：囊腫大小不一，最大容量可達1000毫升以上，小者如芝麻、綠豆大小，囊腫散布全肝或某一肝葉，以右葉多見。大體切面呈蜂窩狀，囊腔內含澄清透明液體，不含膽汁。肝囊腫甚大時可壓迫肝細胞，致萎縮性變，可引起膽管狹窄，致膽囊炎，可引起肝功能損害，最後出現腹水、黃疸，甚至食道靜脈曲張。
肝囊腫的具體形成原因
1、膽小管病變導致的囊腫
膽小管病變可能引發的疾病也不是一種，但是肝囊腫必然是其中之一。膽小管病變主要包含出現水腫或者是炎症問題，這些問題會導致膽汁潴留，從而也可能會引發此類病變。這類問題所引發的肝囊腫通常是單個性囊腫。如果膽小管因為挫傷等問題導致破裂，就會導致囊腫裡面有很多膽汁甚至是血液，這也是囊腫的一種症狀。
2、肝髒損傷引發囊腫
這和膽小管挫傷有很大相似性。當肝髒出現問題時也可能會引發囊腫。但是此囊腫和先天性因素產生的肝囊腫有著本質區別，因此也可以成為一種假性囊腫。肝髒損傷會導致血腫問題，或者是部分組織出現壞死，結果就出現了囊腔。
3、寄生蟲導致囊腫
根據是否是因為寄生蟲導致的疾病，後天性疾病還能分成寄生蟲性和非寄生性兩種。寄生蟲性疾病通常是因為和牲畜的接觸而患病。因此患病人群多為西部牧民，另外，有一些食物上面可能含有這種蟲卵，如果大家不小心食入，也可能會換上肝囊腫疾病。因為食物這些食物的時候，蟲卵可能在血液流動的同時進入到肝髒裡面，所以慢慢就成了肝囊腫。
4、先天性因素
這是肝囊腫疾病的主要發病因素。其實，先天性因素患病的肝囊腫患者已經占到了患者總數的90%以上。這種疾病是因為患者在胚胎發育時期出現問題導致，也就是說，該疾病是在胚胎發育的時候就已經出現，和後天性疾病在時間上有著絕對區別。多數患者的先天性肝囊腫問題不大，年輕時期基本上沒有什麼影響，但是到了中老年時期，肝囊腫問題就比較明顯。
提醒：什麼樣的肝囊腫“不要緊”
所謂“不要緊？是意味著“不急”和不需要處理。首先，肝囊腫不是腫瘤，更談不上惡性腫瘤。其次，對於大多數患者來說，其所患肝囊腫均為小的肝囊腫，最大直徑均不超過3厘米。對這些體積小的肝囊腫，無淪表淺或探在，無論有無症狀，無淪數目多少，均不要緊，不需要處理。肝囊腫與肝血管瘤—樣，不長大、不惡變。肝囊腫與肝血管瘤相比，更無破裂之憂。這是因為即使囊腫破裂，流出的液體對人體電無害。
但肝囊腫患者仍需定期隨訪。每年做1-2次B超是必需的。
至今，尚未發現肝囊腫的形成與某些食物有關。因此肝囊腫患者不需要忌口。至今電尚未發現家務、運動。工作，對肝囊腫生長有促進作用，因此，肝囊腫患者不需要改變自己的生活習慣及工作環境。
