在選擇初治藥物（即首次使用的核苷類藥物）時，最需要關注的就是藥物的抗病毒能力和耐藥性。因為抗病毒藥物的降病毒能力強弱直接影響乙肝治療效果的好壞。好比兩軍作戰，只有快速降低敵人的作戰能力，才能最大限度地打擊控制對手。在治療乙肝時，挑中能快速強效地降低乙肝病毒的藥物，可以迅速改善症狀、早期控制乙肝病情、降低耐藥發生，從而簡化治療。
因此，患者從治療初始就要選用快速強效降病毒藥物。相關數據顯示，慢性乙肝患者首次采用強效低毒進行抗病毒治療（前提是未使用過其他核苷類藥物），以3年的統計數據為依據，90％以上的患者血液中的乙肝病毒DNA轉為陰性（檢測不到）。
有些人認為初始治療可以不用考慮耐藥問題，等耐藥發生後再換藥也不遲，其實這是一個誤區，因為一旦耐藥發生，會導致病情反復、病程進一步惡化等不良後果，增加治療費用。而且，病毒對藥物的交叉耐藥也會增加患者換藥後降病毒的難度，即使加大劑量或換藥，療效也沒有初治時就選用降病毒能力強、低耐藥的藥物效果好，為後續治療帶來極大困難。
總之，患了乙肝，初始治療很關鍵，應在醫生的指導下選擇既強效又低耐藥的抗病毒藥物，鑒於抗毒藥物只能抑制乙肝病毒復制且停藥容易反彈，因此配合免疫調節劑以提高免疫細胞清除病毒的能力。專家稱抗病毒配合免疫調節是今後乙肝治療的方向。
