自身免疫性肝炎大多數隱匿或緩慢起病，起先可有關節酸痛、低熱、乏力、皮疹或月經不調，直到出現黃疸時才被診斷是自身免疫性肝炎。據統計，有20％～25％的自身免疫性肝炎病人起病類似急性病毒性肝炎，而也有些病人最初肝外表現掩蓋了原有的肝病症狀，經過一段時間才能逐漸出現乏力、惡心、食欲不振、腹脹及體重減輕等肝炎症狀。
任何年輕的肝病患者，尤其是沒有酒精、藥物、病毒病原學變化的危險因素的患者，都應該考慮是否是自身免疫性肝炎。血清蛋白電泳和自身抗體的檢測對自身免疫性肝炎的診斷是非常重要的。一部分自身免疫性肝炎的病人血清丙種球蛋白是正常值的2倍。
該病的診斷應與乙型和丙型慢性活動性肝炎相區別，自身免疫性肝炎的病毒性肝炎血清學標志陰性，而有多種自身抗體存在，肝活檢能夠較好地予以確診。
