甲肝除了會損傷肝功能之外，還可以引發肝髒以外的器官的疾病，以各系統的感染最常見。
1、膽道感染
甲肝患者的肝髒是甲肝病毒的主要聚集地，使肝功能受到嚴重損害，導致肝細胞壞死發生炎症。當炎症嚴重進可侵襲到肝內膽管及膽囊，使這些部位也發生炎症，膽管黏膜抵抗細胞的能力下降，發生膽道感染，如急性化膿性膽管炎、膽囊炎等，其中急性化膿性膽管炎是最嚴重的並發症之一，可使甲肝患者出現感染性休克甚至死亡。因此患者應該積極進行抗病毒治療，以保護肝功能。
2、呼吸道感染
甲肝患者並發呼吸道感染的主要原因為，感染甲肝後，並不只有肝髒受到損害。甲肝患者肝功能損害嚴重時可使機體免疫力下降，對細菌病毒的防御功能下降，致病菌易通過肺泡毛細胞或黏膜侵入引發呼吸道感染。因此患者應該注意環境衛生，減少居住環境中的細菌，降低呼吸道感染的發生率。
3、尿路感染
尿路感染也是甲肝的常見並發症之一，其主要還是與甲肝患者的機體免疫力下降有關。免疫力低下的患者，發生感染所需的細菌數量及密度明顯高於正常人。
