乙肝的抗病毒治療是治療乙肝的根本目的，也就是要將潛伏或暴露在人體中的乙肝病毒徹底消滅、清除出去。衡量及檢驗這一目的是否達標有兩條，一是通過血液檢測，反映病毒是否存在、是否處於復制期、是否有傳染性等等；二是通過肝組織學檢查，了解肝髒內部是否存在病毒?病毒是否處於復制階段?肝髒受損的程度如何?血液檢查有問題，可以間接證實、反映肝髒情況。但是，血液檢查沒有問題，不能說明肝髒內部也沒有問題，肝髒內部仍有可能潛伏有許多復制狀態的乙肝病毒，真所謂樹欲靜而風不止。由於目前絕大多數的患者只能通過血液檢查推斷病情如何，所以結論也只能是相對正確的。要想真正了解肝髒的實際情況，需反復進行肝穿，取活組織檢查。這在理論上可行，但在實際臨床工作中卻寸步難行。一個患者偶然接受一次肝穿尚可，多次反復進行肝穿刺根本不可能。通過血液了解乙肝病毒的具體方法是進行乙肝病毒多項指標檢查(如乙肝病毒"兩對半"、乙肝病毒脫氧核糖核酸等)，所謂轉陰治療也就是只讓這些病毒指標轉陰。過去認為這些指標陰轉了，病情自然也就好轉了。現在看起來，這些認識是過時的，甚至是錯誤的。現在發現：人體血液中的乙肝病毒變化形式實際是極其復雜的，決不能用一元化解釋。那麼，該如何判斷、分析病毒指標陰轉究竟是好還是不好呢?
帶來積極作用、好轉性質的陰轉。有的患者通過藥物治療或其它方式等，出現乙肝病毒指標的陰轉。最常見的是"大三陽"轉為"小三陽"或是"小二陽"(即表面抗原和核心抗體陽性)，有時甚至於轉為e抗體和核心抗體陽性，這種情況多見於急性乙肝恢復後，慢性乙肝病毒攜帶者的自愈和自限，一部分患者經治療後發生的積極反應。其特點是隨著乙肝病毒指標的陰轉，患者症狀(食欲不振、疲乏、肝區不適、腹脹等)及體征明顯好轉，肝功恢復正常並長期保持穩定，乙肝病毒主要復制指標(e抗原、hbvdna)持續陰性。
帶來消極作用、惡化性質的陰轉。有的患者反復用藥治療，有的患者未經特殊治療，也會出現乙肝病毒指標的陰轉，最常見的是"大三陽"轉為"小三陽"或是"小二陽"，有時甚至於轉為e抗體和核心抗體陽性。病毒指標雖然轉陰了，病情卻越來越嚴重。具體表現為：症狀、體征不斷加重，疲乏勞累，腹脹納差，面色萎黃或黎黑，肝掌，蜘蛛痣明顯等等；肝功損害加劇，轉氨酶、黃疸反復升高，白蛋白下降明顯，球蛋白日見上升，凝血機制惡化；影像學檢查揭示病情向嚴重方面演變。如果遇到這種情況，說明上述病毒陰轉帶來了不良的後果，這些陰轉大都是病毒變異造成的。病毒變異的形式是多種多樣的，變異的後果也是相當復雜的。病毒變異本身說明病毒是一種適應性極強的、生命力頑強的生物體，它並非那麼容易被消滅。乙肝病毒前c區基因變異是最常見的一種變異，變異後，使乙肝病毒e抗原不能產生，以致檢查e抗原為陰性，但它並不代表病毒復制的減輕或消失，病毒復制依然在暗中進行，使病情遷延不愈，容易發生肝硬化，甚至於發生爆發性肝壞死。另外，乙肝病毒的s基因區也可發生變異，其編碼的乙肝表面抗原不能產生或表達，患者可出現表面抗原檢查陰性，這在過去看來，是乙肝根本治愈的標志。而實際不然，它不僅導致醫生的誤判，還是導致乙肝疫苗接種失敗的原因。因此，乙肝的抗病毒治療是治療的關鍵所在，但是從目前看，尚無絕對有效的藥物問世。乙肝的治療仍然提倡保肝、提高免疫、抗纖維化及抗病毒等項綜合治療，單打一的治療往往難以奏效，治療過程中不必一味要求病毒指標陰轉，而應首先強調肝功能長期正常及穩定。從我國實際情況出發，盡可能少用那些療效不確切、價格昂貴的進口西藥，而應強調以中醫藥為主的治療原則。從目前臨床情況看，中藥制劑治療乙肝起著主打作用，其特點是有效且價格低廉。從目前臨床看，乙肝治療應把握這樣一個原則：任何一個遷延性或活動性的乙肝，其治療的目標是將其恢復至乙肝的初始階段，即乙肝病毒的攜帶狀態，並使其長期穩定於此狀態；對於乙肝病毒攜帶者，可視為基本正常狀態，不必刻意用藥治療，只要做好復查、隨訪、預防等項工作即可。在實際生活中，應嚴格區分乙肝毒攜帶者和乙肝病人，前者可劃歸正常人群，無須特殊治療；後者才是真正的病人，必須進行治療。
