肝包蟲病是牧區常見的寄生蟲病，手術治療仍為治療的主要治療手段。手術的原則是清除內囊，防止囊液外溢，消滅外囊殘腔，預防感染。具體手術方法依包囊大小，有無膽瘘和感染或鈣化決定。術前可靜脈滴注氫化可的松100mg，以防術中囊液不潰入腹腔引起過敏性休克，手術方式需依據有無合並感染而定。
1、內囊摘除術
臨床上最常用的方法。適用於無感染的病例。切口一般選擇在上腹包塊隆起較顯著處。手術顯露包蟲囊腫後，用濕紗布墊保護切口與周圍髒器，紗布墊上再鋪一層浸有10％甲醛溶液的紗布。在無膽汁漏情況下，再注入10％甲醛溶液殺滅頭節，5min後吸出，如此反復2～3次，最後將囊內液體盡量吸淨。注入甲醛溶液，濃度不宜過高，以免吸收中毒和外囊內壁呈硬化性改變或壞死。囊液吸淨後，外囊切口做內翻縫合，以消滅殘腔。一般囊內可不放置引流。完整內囊摘除術是肝包蟲最理想的手術方法，適應證選擇嚴格，要求有良好的麻醉，術者有娴熟的手術技能，助手協調的配合，該術式危險系數大。隨著肝外科的進展及對肝包蟲病病理生理學知識的增加，對手術不僅切除寄生蟲外生囊，同時一並切除因寄生蟲囊腫引起的囊周肝實質病變區，即清除或減少在塌陷封閉囊腔過程中的障礙。內囊摘除外囊內翻縫合或內囊摘除外囊內翻縫合加置管引流術，此法是應用多年，各地采用最多的一種術式，約占肝包蟲手術病人的96％，療效確切。
2、外囊敞開術
術式，突破肝包蟲病以前治療的一些禁區。外囊敞開術的適應證是：①完全內囊摘除和穿刺內囊摘除的單純性包蟲病。②內囊變性壞死或內囊退化以及囊壁鈣化的肝包蟲病。③合並輕度感染壞死而無全身症狀的肝包蟲病。④合並膽漏經縫合修補僅有少量膽汁滲出的肝包蟲病。此術式適應證廣泛，術後遠、近期療效好，無殘腔形成。但一定要按無瘤原則進行，選好用好局部化療藥，選好適應證。
3、袋形縫合術
適用於已有感染的囊腫。在徹底清除內囊和囊腔內容物後，將外囊囊壁全層縫合於切口周圍腹壁，腔內用紗布填塞引流。此種手術後常形成感染窦道，經久不愈。
4、肝切除術
本法能完整切除包蟲，治療效果最佳。從現代肝外科學的角度來看，切除寄生蟲感染的肝髒（標准切除或廣泛切除）是理想的方法，但對因包蟲感染而行肝切除要謹慎，一方面是因為肝包蟲病非惡性病變，且常為多中心性的生物性疾病，另一方面肝切除涉及的術後處理以及術後肝組織的再生能力等問題，因此對肝包蟲病行肝切除術僅適用於囊周切除術不能清除已無法恢復正常的病變肝組織，包括：囊腫已破壞整肝段、葉或半肝；在肝葉或肝段中有大量多發性包囊，相互重疊使包囊間的正常肝實質的功能難以保留；肝實質內的包蟲囊突破某些肝段或肝區的膽管，造成無法控制的膽漏；在肝實質中有包囊膽管瘘管。特別是對肝上、肝門部、中央型門靜脈間包囊的手術難度較高。對以下情況可考慮作肝葉或肝部分切除術：①局限於肝左外葉或右半肝，體積巨大、單一、囊壁堅厚或鈣化不易塌陷，而病側肝組織已萎縮；②局限於肝的一葉的多發性囊腫；③引流後囊腔經久不愈，以至遺留瘘管；④囊腫感染後形成厚壁的慢性膿腫；⑤局限的肝泡狀棘球蚴病者。
5、腹腔鏡摘除術
腹腔鏡手術治療肝包蟲病是一種微創有效方法，1992年新疆首先在國內開展了腹腔鏡肝包蟲內摘除術。可以肯定的說此術式對病人創傷小，術後恢復快，但術前應嚴格選擇。手術對象的選擇指征是：肝包蟲囊腔直徑最好小於10cm，若大於10cm則與肝內膽管相通的可能性大，術後易出現膽漏；無腹腔多髒器包蟲病和包蟲腔無合並感染。肝深位的或後位的包蟲不易顯露，不適合腹腔鏡下手術；包蟲腔合並感染主要原因是因其與膽道相通，術後易出現膽漏；其次周圍髒器與包蟲囊粘連較重操作困難。因腹腔鏡肝包蟲囊腫內囊摘除術對手術適應證要求嚴格，對手術技術水平要求高等問題。最大的缺點是有囊液滲漏的風險，通過提高該手術的技術、使用浸泡有滅頭節劑的海綿保護穿刺部位以及術中應用苯丙咪唑可降低風險，腹腔鏡手術還能使外科醫師術中更細微地探查囊腔，從而避免遺漏任何殘留的包囊或與膽管的通道。手術指征：病人肝包蟲病發作，一般情況良好，無並發症。對位於肝實質深部難以切除的小包囊（<4cm）可行保守治療。經腹腔鏡治療肝包蟲病是技術性較高的內窺鏡外科新技術。術者必須具備扎實的肝膽道外科學基礎，豐富的處理包蟲病的手術經驗，熟練的腹腔鏡下操作技術和對極端負責的精神。術中如用電視腹腔鏡無法完成手術時，應果斷中轉開腹手術，是確保患者安全的重要措施。
6、肝移植治療
由於肝泡型包蟲病臨床發現多在中晚期，能達到根治性切除病灶的病例不到30％，大部分病人有肝門、下腔靜脈的侵犯無法切除，嚴重影響了病人的生活質量和生存率，數病人在5年內死亡。通過采用“背馱式”原位肝髒移植手術和先轉流後游離肝周同種原位肝移植等技術，可成功治療肝泡型包蟲病，並且晚期肝包蟲病是肝移植的良好指征。肝髒移植的成功為晚期肝包蟲病的治療提供了一個廣闊的天地。
7、其他術式
外囊-空腸-Roux-Y吻合內引流術、包蟲囊腫切除術、肝葉、肝部分切除術、大網膜填塞外囊腔等術式只適用於特殊類型的病人。
