引起肝損傷的常見病因有以下幾種。
1.病毒性肝炎
乙型與丙型病毒性肝炎是引起肝硬化最常見的病因。在我國，以慢性乙型肝炎最常見。病毒的持續存在是肝損傷演變為肝硬化的主要原因，宿主的遺傳背景和基因多態性可能也影響抗病毒的免疫反應、損傷和纖維化發生。乙型和丙型肝炎的重疊感染常可加速肝硬化的發展。
2.酒精性肝炎（ASH）
在歐美國家，由ASH引起的酒精性肝硬化約占全部肝硬化的50%～90%，在我國近年來也有上升趨勢。每日攝入乙醇50g且持續10年以上者8%~15%可導致肝硬化。酒精還可加速乙型和丙型肝炎肝硬化的進展。ASH發病機制主要是酒精中間代謝產物乙醛對肝髒產生的氧化應激和脂質過氧化損傷，誘發肝髒糖、脂代謝紊亂，促進炎症免疫反應和纖維化發生。
3.非酒精性脂肪性肝炎（NASH）
通常是指與代謝綜合征（包括腹型肥胖、脂肪肝、II型糖尿病、高脂血症和高血壓等異常）有關的原發性NASH。隨著城市化的推進、生活方式的改變以及高脂肪、高熱量的飲食增加，NASH在東西方國家均有增加趨勢。大約1/3以上的NASH患者可能因持續性肝損傷而導致纖維化進展。各種原因引起的肝細胞脂肪變性，使肝髒對炎症反應和各種損傷因素的易感性增高，這是NASH發病的主要機制。
4.毒素和藥物
肝髒是藥物清除、生物轉化和分泌的主要場所。當藥物代謝過程中毒性產物的產生速率超過安全排洩的速率時就會引起肝損傷。目前已發現上千種藥物可引起肝損傷，其中包括醫學處方藥及人們因治療、營養等目的使用的非處方藥物和中草藥。藥物性肝損傷中絕大多數是特應性反應，難以預測，可能與環境和遺傳易感因素有關。長期服用某些藥物如對乙酰氨基酚、甲基多巴、氟肽胺或反復接觸某些化學毒物如磷、砷、四氯化碳等，均可引起中毒性肝炎，後者最後演變為肝硬化。
5.自身免疫性肝病（AILD）
AILD主要包括肝細胞受累的自身免疫性肝炎（AIH）以及膽管細胞受累的原發性膽汁性肝硬化（PBC）和原發性硬化性膽管炎（PSC）。
AIH主要見於女性，以血清中出現自身抗體[如抗核抗體（ANA）]、血清轉氨酶和IgG水平增高、門脈大量漿細胞浸潤為特點，在治療上常常對激素等免疫抑制劑有反應。
PBC是一種慢性進行性膽汁淤積性肝髒疾病，主要發生在40~60歲的中年女性，絕大多數患者抗線粒體抗體（AMA）陽性。PBC常常合並其他器官特異性自身免疫性疾病如硬皮病、自身免疫性甲狀腺疾病，並常有唾液腺上皮細胞受損。一部分（約50%）PBC患者可同時或單獨出現ANA。
PSC是一種以肝內和肝外膽道系統廣泛炎症和纖維化並以進行性發展為特點的慢性膽汁淤積綜合征，主要累及年輕人，並且70%的患者是男性。PSC常常伴有炎症性腸病，還有一些特殊的並發症如膽管炎、膽管狹窄、膽石症、膽管癌等。
6.遺傳代謝性疾病
遺傳代謝性疾病是一種由遺傳和代謝性因素引起的肝髒疾病，多見於青少年。在我國以先天性銅代謝異常（肝豆狀核變性，即Wilson病）最多見，該病是因ATP7B基因異常引起的常染色體隱性遺傳病，銅沉積於腦、肝等組織，臨床上出現精神障礙、錐體外系症狀和肝硬化症狀，並伴有血漿銅藍蛋白降低和銅代謝障礙。
7.肝淤血
慢性充血性心力衰竭、慢性縮窄性心包炎和各種病因引起的肝靜脈回流受阻，如肝靜脈阻塞綜合征（Budd-Chiari綜合征）和肝小靜脈閉塞病（VOD），均可使肝內長期淤血、缺氧，發生纖維化和硬化。
8.其他
如繼發性膽汁淤積性肝硬化，在成人以膽石症引起者為多，此外還可因膽道慢性炎症或手術後狹窄、壺腹周圍癌、膽管囊腫、先天性肝外膽道閉鎖或肝內膽管發育障礙引起。血吸蟲病性肝硬化則因蟲卵沉積在匯管區刺激纖維化進展。
