發現肝囊腫主要靠超聲波檢查。B型超聲檢查幾乎可以發現所有肝囊腫，對肝囊腫的檢出率可達98%。在定性方面，超聲波檢查比CT更准確；但要全面了解囊腫的大小、數目、位置，特別是需行手術治療的巨大肝囊腫，CT優於B型超聲。
診斷肝囊腫，應首先進行簡便無創傷的B型超聲檢查。
其次根據需要選擇X線檢查，包括腹部平片、腹腔動脈造影、胃腸造影、CT和核磁檢查。
肝囊腫一般不導致肝功能異常，化驗檢查對肝囊腫的診斷價值不大。B超或CT診斷肝囊腫十分可靠，一般不必做過多的檢查。
發現肝囊腫後，應取血查甲胎球蛋白，以排除肝癌。
肝囊腫需要治療嗎？
囊腫既不會影響肝功能，也不會發展為肝癌，所以這種囊腫通常不必理它，只要定期復查即可。但如果它長得實在太大，讓病人感覺不舒服時，可以進行治療。治療時也不必開刀，醫生可以在超聲波的引導下，將一根細細的針插入囊腫，用細針將囊腫內的液體抽出來，然後再注入純酒精，這樣囊腫才不會再次長大。如果囊腫長得很大，患者覺得很痛時，也可以考慮開刀治療，將囊腫連同囊腫的膜一起摘除，來解決病人的疼痛。
