隨著肝硬變肝功能失代償的出現，可發生不同的合並症。最常見的合並症有以下幾種：
(1)上消化道大出血：肝硬變發展到肝功能失代償的後期；由於肝細胞不斷壞死、增生，結締組織及瘢痕形成，肝小葉結構異常改變，致使門靜脈壓力進一步升高。由於門靜脈血液回流發生障礙，為了另找出路，門靜脈與臍靜脈之間逐漸建立起側支循環，並且逐漸擴大、增粗，使腹壁靜脈改道，不經下腔靜脈而直接進入上腔靜脈。食管靜脈和胃底靜脈與奇靜腸相溝通，特別是胃底和食管下段的交通支在臨床上起著重要的作用。在正常情況下，這些交通支都很紉，血流量不大，當門靜脈回流受阻，靜脈壓增高時，因門靜脈本身無靜脈瓣，門靜脈血流可逆流入以上交通支中，久而久之使交通支擴張，胃底和食管下段靜脈因經門靜脈最近，由於壓力差較大，故最早發生靜脈曲張。日久天長，在曲張靜脈部位的食管或胃的粘膜變薄，加上食物的機械刺激損傷，膽汁胃液反流的化學腐蝕，腹水以及惡心、嘔吐、便秘、咳嗽、呃逆時腹壓的增加，均可使門靜脈的壓力突然升高，導致曲張的靜脈破裂出血，形成上消化道大出血。
(2)腹水及浮腫的形成：由於肝硬變後期門靜脈壓力升高，致門靜脈系毛細血管內壓增高，同時又因壓力升高後血管壁變薄，通透性增加，原來不能透過的水分、部分蛋白質及電解質滲入腹腔。肝硬變時由於肝功能失代償時蛋白質的消化吸收障礙和肝髒加工合成白蛋白的功能減退，致使血中白蛋白減少，血漿膠體滲透壓降低，血漿內大量的水分滲入腹腔。另外，因肝功能減退時，內分泌功能失調，血中醛固酮、抗利尿激家以及雌激素增加，也是形成腹水和浮腫的一個原因。
(3)原發性腹膜炎及合並其它部位感染：肝硬變時由於病人身體抵抗力降低，易並發各種感染，如細菌性肺炎、支氣管炎、尿路炎、腸炎、結核性腹膜炎及肺結核等。當發生腹水時，由於腹水適於細茵微生物的生長繁殖，特別是革蘭氏陰性桿菌的生長，此時極易引起經常見的原發性腹膜炎。細菌可透過血管壁進入門靜脈，未經肝髒消毒滅菌即進入側枝循環，然後直接進入體循環，造成菌血症或敗血症。
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