慢性乙型肝炎的病程可達半年以上，且不容易被發現，比較隱匿，只能通過體檢才可發現。它的治療程序比較繁瑣，時間也比較長，部分病人經過20-30年轉變為肝硬化,肝癌。可通過抗病毒藥物進行緩解治療。
抗病毒藥物常見的有6種：干擾素(IFN)、單磷酸阿糖腺苷(Ara AMP)、阿昔洛韋(ACV)、其他核苷類似物，如拉米夫定(Lamivudine，3TC)為胞嘧啶核苷類似物、利巴韋林(Ribavirin)、膦甲酸鈉(PFA)。這7類藥物只能抑制HBV復制，從而緩解炎症活動性，對整合病毒無作用。以下將一一詳細介紹這6種藥物的治療醫理。
IFN是目前最常用的抗病毒藥物，它的特性是它能在乙肝治療上被廣泛應用的原因之一。如病人能夠在這種藥物上做到持久治療，在結束1年的治療後，其中約有20%～30 %復發，其他都有明顯好轉。α-IFN的常用劑量為3～5MU/次，每周3次，進行4～6個月即可。也可采用3～5MU/d，1次/d，1個月後改為每周3次，療程與α-IFN一樣，沒有特定的療程，病患可根據自身病情增加1～2個療程。1Mu/次屬於較小的劑量，因此可能會達不到治療效果，如果劑量>10MU/次，又容易出現不良反應，病人要適當調整自己的治療劑量。治療後約有40%的病人可獲得持久治療反應，使用這種藥物1年左右，便可讓病情好轉。經α-IFN治療後HBsAg轉陰病人約占10%左右，一般發生在治療中或治療結束後3個月內。
單磷酸阿糖腺苷在抑制DNA多聚酶上具有選擇性，這個特性使它能有效抑制病毒DNA合成。它的用法沒有干擾素繁瑣，比較簡單，只要求病患每日10mg/kg，通過肌肉注射或靜脈滴注，6天後藥量減半，療程短，為期1個月。
阿昔洛韋屬於核苷類似物，同樣對病毒DNA多聚酶具有抑制作用。需要每天通過靜脈滴注劑量為15mg/kg的阿昔洛，不可直接服用，1個療程為期30天。
拉米夫定為胞嘧啶核苷類似物，能夠抑制病毒反轉錄酶，成人用量為每日100mg，口服便可，相比起其他藥物，這種藥物的服用方式比較方便，經1～2個月治療後多數病人HBV DNA可轉陰，ALT也隨之下降但停止治療後易反跳。
利巴韋林為單磷酸肌苷(IMP)脫氫酶抑制劑，通過抑制IMP，從而阻止病毒核酸合成。成人劑量為10～15mg/(kg d)，肌注或靜脈滴注或0.8～1.2g/d，分次口服，療程3～6個月。
膦甲酸鈉是一種焦磷酸類似物，目前據統計這種藥物有600多種。它的病理主要是當病毒合成時，作用於反轉錄酶從而抑制DNA多聚酶活性，達到抑制乙肝反復發作的作用。這種藥物是使用比較方便，對於成人來說，一次用60mg/(kgd)，用肌肉滴注，堅持用上2～3周可有效治療乙肝。但是這種藥物的過多使用會引起多系統不良反應，因此腎功能不足的病患需慎用，先詢問醫生的建議再進行服用，切忌病急亂吃藥。
慢性乙肝雖然比較難治，但醫學上有很多療效很好的藥物，病患堅持服用，可以看到病情好轉。慢性乙肝是由急性乙肝演變而來的，如果病患覺得自己有乙肝的症狀，就要及時投醫，到專業正規的醫院進行就診，不可拖延，如果急性乙肝在6個月內沒有得到有效得治療，便會轉為慢性乙肝。
