許多因素與干擾素治療慢性乙型肝炎的療效有關。我國的《慢性乙型肝炎防治指南》中指出：“有下列因素者常可取得較好的療效：①治療前ALT水平較高；②HBVDNA＜2′108拷貝/ml；(＜4′107IU/mL)；③女性；④病程短；⑤非母嬰傳播；⑥肝組織炎症壞死較重，纖維化程度輕；⑦對治療的依從性好；⑧無HCV、HDV或人類免疫缺陷病毒(HIV)合並感染；⑨HBV基因A型；⑩治療12或24周時，血清HBVDNA不能檢出。其中治療前ALT、HBVDNA水平和HBV基因型，是預測療效的重要因素。有研究結果表明，在聚乙二醇干擾素α-2a治療過程中，定量檢測HBsAg水平或HBeAg水平對治療應答有較好的預測價值。”
在用干擾素治療前，可以估計一下自己有利於療效的因素多，還是不利於療效的因素多。如果不利於療效的因素較多，預測一下干擾素的療效，再決定是否選擇干擾素治療。
在這些因素中，盡管年齡、性別、感染方式、病毒水平和病毒基因型等因素是無法改變的，但有一些因素是可以人為改善的。我們可以采取盡早治療、不飲酒、增加治療的依從性、預防重疊感染其他病毒和脂肪肝等積極措施改善干擾素治療慢性乙肝的預後。
另外，在干擾素治療期間觀察HBVDNA、HBsAg和HBeAg水平變化可以預測干擾素的療效。在治療3～6個月時，HBVDNA下降至檢測不到的水平，HBsAg和HBeAg水平逐漸下降者療效較好。
