1、不該用藥時，卻用了藥。患者中的80％左右，都是病毒攜帶者，尤其是兒童和少年，處於免疫耐受階段，此時對於各種治療無應答，各種治療用藥都起不到理想的效果，此時大量用藥治療，不僅浪費錢財，還會打破機體免疫沉默狀態，使得肝功出現異常，有時這種異常反反復復，纏綿難愈。
2、該用藥時，用錯了藥。乙肝患者肝功異常，轉氨酶升高，本應是抗病毒治療的時機，應該使用合適的抗病毒藥物，而肝硬化腹水，應該加強利尿，補充白蛋白，如選用干擾素等抗病毒藥物，可致使肝功能進一步惡化。
3、用藥時斷時續，不連貫。想起來就吃藥，想不起來就斷藥；工作一忙，就忘吃藥了；一出差，又忘吃藥了，這些問題時有發生，這種時斷時續的吃藥，不能保證藥物在血液中恆定和有效的濃度，達不到控制疾病發展的目的。
4、用藥療程不足。乙肝的抗病毒治療需要時間較長，一個療程至少需要半年至一年時間，其中干擾素療程至少為半年，如果療程太短，根本起不到抑制病毒的作用。抗肝纖維化的療程同樣需要漫長時間，短期使用，起不起軟化肝髒，降解肝髒纖維組織的目的。
5、誤信廣告。一些乙肝患者為了治療疾病，盲目相信一些廣告。部分患者看到一則抗乙肝藥物在轉基因鼠上試驗的報道，就認為這種藥物一定能治好乙型肝炎。還有一些肝功能正常的乙肝“小三陽”患者，盲目聽信廣告，花了很多錢，不但沒有使乙肝病毒清除，還因藥物中毒導致了藥物性腎損害。
