Omata等曾在1990年對11例急性肝患者用干擾素治療4周，14例急性丙肝患者不接受治療作對照。1年後，對照組的14例患者中有13例的血清丙氨酸基轉移酶(ALT)波動，而治療組 11例中只有4例波動。兩組差異顯著。用干擾素治療的丙肝患者，體內的丙肝病毒可被抑殺，發病過程可以中斷。另有一些學者認為，對急性丙肝患者采用干擾素治療，至少可以防止30% 的丙肝患者向慢性化發展，而且急性丙肝一旦明確診斷，干擾素的應用越早越好。
慢性丙肝的治療，目前國內外公認有效的也只有干擾素，同樣應該早期治療，在急性丙肝的恢復期，選用干擾素每次300萬單位，每周3次，皮下注射，持續一年，甚至更長時間，70%以上的患者可獲痊愈，這可使慢性丙肝患者大大減少；若急性期未得到及時冶療，則60%左右的感染者將發展為慢性丙肝，以後自愈的可能性甚少。對於慢性丙肝，除選用於擾素外可同時服用病毒唑片(每片0.15克，每次0.3克，每日3~4次，宜小劑量開始，以減輕消化道反應)，與單用干擾素40%左右的有效率相比，療效提高10%~20%。
世界上目前生產的第三代干擾素，是由科學家從幾種天然產生的干擾素亞型中，將其中各自的有效成分重組合成的一種干擾素，商品名叫干復津，治療慢性丙肝已證實有很好的療效，每次9~15微克，每周3次，療程12個月。
由此可見阻斷慢性丙肝的發展關鍵是進行病原治療，在控制和消滅病原的過程中，也應認識到必伴有肝組織的損害，因此對應用干擾素治療的病人應重視病例選擇，治療過程中應定期隨訪，最好請有經驗的醫生動態觀察治療的反應、療效，以及B超觀察肝髒的變化，以調整劑量和掌握療程。
