原則上講，肝囊腫<5 cm 又沒有任何症狀，不需要做任何治療。可定期復查B超，觀察囊腫大小的變化即可。若囊腫較大，超過5 cm 且有不適，那麼可以可慮治療。目前介入治療最為有效，我們在B超或CT 的引導下，進行穿刺，先將囊腫裡面的囊液抽干淨，然後往囊腔裡注射一定量的無水酒精，稍等片刻再將無水酒精抽出來就可以了。
注射無水酒精目的是破壞掉囊腫囊壁細胞，否則即使已經抽光了囊腫裡面的囊液，過一段時間囊腫又會長起來。經過反復幾次注射無水酒精再抽出來就能達到治愈的目的。但是對於酒精過敏的患者可采用其它硬化劑，如魚肝油酸鈉等。另外注入的酒精要適量，必要時可以在透視下利用造影劑和B超結合顯示囊腔大小及抽吸情況。
術後患者一般沒有不良反應，但須觀察12小時，靜臥，24小時內臥床休息避免劇烈活動，防止穿刺點出血。腎囊腫穿刺完後3日內，每日檢查尿常規一次，有血尿可以給與適當對症處理。
介入治療囊腫不用開刀，局部麻醉，穿刺針非常細，安全，痛苦小，療效好，並發症非常少。介入治療肝囊腫、腎囊腫、胰腺囊腫、卵巢囊腫療效顯著。
對於有感染的囊腫，抽完囊液後必須反復使用含抗菌素的生理鹽水進行沖洗，必要時放置引流，且必須配合抗感染、支持等治療 。
