隨著肝硬變肝功能失代償的出現，可發生不同的合並症。最常見的合並症有以下幾種：
(1)上消化道大出血：肝硬變發展到肝功能失代償的後期；由於肝細胞不斷壞死、增生，結締組織及瘢痕形成，肝小葉結構異常改變，致使門靜脈壓力進一步升高。由於門靜脈血液回流發生障礙，為了另找出路，門靜脈與臍靜脈之間逐漸建立起側支循環，並且逐漸擴大、增粗，使腹壁靜脈改道，不經下腔靜脈而直接進入上腔靜脈。食管靜脈和胃底靜脈與奇靜腸相溝通，特別是胃底和食管下段的交通支在臨床上起著重要的作用。在正常情況下，這些交通支都很紉，血流量不大，當門靜脈回流受阻，靜脈壓增高時，因門靜脈本身無靜脈瓣，門靜脈血流可逆流入以上交通支中，久而久之使交通支擴張，胃底和食管下段靜脈因經門靜脈最近，由於壓力差較大，故最早發生靜脈曲張。日久天長，在曲張靜脈部位的食管或胃的粘膜變薄，加上食物的機械刺激損傷，膽汁胃液反流的化學腐蝕，腹水以及惡心、嘔吐、便秘、咳嗽、呃逆時腹壓的增加，均可使門靜脈的壓力突然升高，導致曲張的靜脈破裂出血，形成上消化道大出血。
(2)腹水及浮腫的形成：由於肝硬變後期門靜脈壓力升高，致門靜脈系毛細血管內壓增高，同時又因壓力升高後血管壁變薄，通透性增加，原來不能透過的水分、部分蛋白質及電解質滲入腹腔。肝硬變時由於肝功能失代償時蛋白質的消化吸收障礙和肝髒加工合成白蛋白的功能減退，致使血中白蛋白減少，血漿膠體滲透壓降低，血漿內大量的水分滲入腹腔。另外，因肝功能減退時，內分泌功能失調，血中醛固酮、抗利尿激家以及雌激素增加，也是形成腹水和浮腫的一個原因。
(3)原發性腹膜炎及合並其它部位感染：肝硬變時由於病人身體抵抗力降低，易並發各種感染，如細菌性肺炎、支氣管炎、尿路炎、腸炎、結核性腹膜炎及肺結核等。當發生腹水時，由於腹水適於細茵微生物的生長繁殖，特別是革蘭氏陰性桿菌的生長，此時極易引起經常見的原發性腹膜炎。細菌可透過血管壁進入門靜脈，未經肝髒消毒滅菌即進入側枝循環，然後直接進入體循環，造成菌血症或敗血症。
(4)肝昏迷：肝功能嚴重衰竭時可發生肝昏迷。正常情況下，肝髒對蛋白質氨基酸的代謝是：蛋白質→氨基酸→去氨作用→氨→尿素。肝硬變後期，由於肝功能嚴重障礙，去氨作用差，氨不能進一步合成尿素，血液中氨的濃度升高，毒害中樞神經系統。患者起初躁動不安、谵妄、痙攣，後期嗜睡、昏迷。同時由於肝細胞的缺氧、缺血、壞死，以及細胞組織的無氧代謝產生大量的有毒物質也毒害中樞神經系統，從而進一步加重了肝昏迷。肝功能衰竭時，對肝糖原的分解作用減弱，血糖降低，也可引起肝昏迷。此外，肝硬變肝功能衰竭時，肝內三大代謝障礙，使血液和全身各個組織器官特別是腦組織細胞生物化學過程發生紊亂，造成腦血流障礙和缺氧，以及肝髒不能將體內大量的代謝產物加工解毒。這些都是導致肝昏迷的重要因素。
(5)原發性肝癌：原發性肝癌的病因是多方面的、綜合性的因素。目前認為與飲用水的污染、黃曲霉菌、亞硝胺、農藥、肝髒寄生蟲感染，以及營養不良等有密切關系。在我國還與病毒性肝炎關系十分密切。通過調查，肝硬變由肝炎病毒引起的多系結節性肝硬變，而結節性肝硬變發展成肝癌的比例高。由此推斷，病毒性肝炎、肝硬變與肝癌關系密切。根據肝癌切除的標本檢查，肝癌合並肝硬變的發生率大多在69.9%一86.8%，最高合並率高達.91.8%，而有的報告肝癌不合並肝硬變的僅占8.2%，因此不少學者稱肝硬變是肝癌的重要癌前病變。故應高度重視肝硬變的預防和積極治療，並對肝硬變定期做有關檢查，如發現異常，及時采取外科治療措施。
(6)門靜脈血栓形成：約有10%一15%的肝硬變患者可並發門靜脈血拴形成。其原因主要與門靜脈梗阻造成門靜脈血流緩慢，以及門靜脈內膜炎、硬化有關。如肝硬變病人突然出現劇烈腹痛、腹脹、嘔吐、便血、休克等表現，則應考慮門靜脈血栓形成。
