區別一：發病原因
肝囊腫：肝囊腫有先天的 也有後天的。先天性肝囊腫是由於胚胎時期肝內膽管或淋巴管發育異常造成的；後天性肝囊腫可能是肝髒管道發生退行性改變的結果
肝膿腫：肝膿腫可由溶組織阿米巴原蟲或細菌感染所引起。阿米巴肝膿腫的發病與阿米巴結腸炎有密切關系，且膿腫大多數為單發；細菌性肝膿腫的細菌侵入途徑除敗血症外，可由腹腔內感染直接蔓延所引起，亦可因臍部感染經臍血管，門靜脈而入肝髒，膽道蛔蟲亦可為引起細菌性肝膿腫的誘因。常見的細菌有金黃色葡萄球菌，鏈球菌等。
區別二：症狀與體征
肝囊腫：肝囊腫一般沒有症狀，當囊腫長大到一定程度，可能會壓迫胃腸道而引起症狀，如上腹不適飽脹；也有因囊腫繼發細菌感染而有腹痛、發熱。當囊腫過大時，可出現消化不良、惡心、嘔吐和右上腹不適或疼痛等症狀。
肝膿腫：全身菌血症或膽道感染引起的多發性膿腫。通常起病急，並以引起膿腫的原有疾病的主要臨床特征為其主要症狀。如為單發性膿腫，則其症狀在數周內呈亞急性起病；常見有發熱，而且有時是唯一的線索，但多數病人還有厭食，惡心，體重下降和無力。約半數病人有右上腹疼痛或觸痛和肝腫大，偶見右側胸膜炎性胸痛，黃疸一般只在膽道阻塞時才出現。
區別三：疾病診斷
肝囊腫：B超對肝囊腫的檢出率可達98％，一般情況下，肝囊腫患者並不需要作彩色超聲及磁共振（MRI）檢查。化驗檢查對肝囊腫的診斷價值不大。通常，肝囊腫並不導致肝功能的異常。但有時為了鑒別診斷，作某些血液檢查仍然是必要的，特別是血液甲胎蛋白（AFP）檢查，以排除原發性肝癌。
肝膿腫：根據病史，臨床上的寒戰高熱，肝區疼痛、肝腫大。X線檢查可見病側膈肌抬高和固定，常有胸腔積液。診斷性肝穿刺抽膿，是確診的重要手段，應在超聲波探查引導下進行。陽性的穿刺結果，為治療提供了依據。
區別四：疾病治療
肝囊腫：單個或多個囊腫，無臨床症狀者，應定期B超檢查觀察，囊腫超過5厘米大小可考慮在超聲引導下穿刺吸出囊液後注入硬化劑處理。巨大或局限性囊腫有繼發感染者，常需外科處理。
肝膿腫：病情較輕的阿米巴肝膿腫可門診服用甲硝唑或甲硝達唑。細菌性肝膿腫必須住院治療：全身支持療法；抗生素治療；手術治療等。
區別五：並發症
肝囊腫：囊內出血；囊腫破裂 ；囊蒂扭轉等。
肝膿腫：肝膿腫的並發症包括膈下膿腫形成；膿腔內出血；膿腫破裂入肺，胸膜腔或腹膜腔。診斷正確，治療適當者的病死率為10％～30％，多發性膿腫患者的病死率高於單發性膿腫患者。
由於細菌性肝膿腫往往發病較重，應及早診斷治療，避免並發症的發生。
