不同乙肝病毒感染者的乙肝治療難度不同，乙肝病毒一但侵入機體會很快和肝髒正常細胞結合，並且侵入肝細胞核內，和肝細胞包成一團很難分離。所以說乙肝是很難治愈的。
乙肝難治的客觀原因
具有四十多年臨床經驗的專家認為無論中醫還是西醫，治療的主要目的都應該是：
1.持久抑制或清除病毒，使肝炎病變緩解，防止肝硬化乃至肝癌的發生。
2.降低或消除傳染性，即阻止肝病的蔓延。
乙肝難治的主要原因有以下幾個方面：
①病毒多處存在
乙肝病毒為泛嗜性病毒，可在肝髒、膽管上皮細胞、胰腺、淋巴細胞等組織和細胞中存在和復制。抗病毒藥物較易清除血中的HBV（乙肝病毒），而組織細胞中的HBV則不易被清除或清除較晚，成為復發的重要原因。
②免疫耐受
母嬰垂直傳播與嬰幼兒水平傳播為我國HBV的主要感染特點。嬰幼兒的機體免疫系統發育與HBV感染、復制相伴隨，待免疫系統成熟後，會誤將HBV認為是自身成分而難以發揮排斥清除反應。這是我國慢性乙肝難治療的重要原因。
③基因整合
早期感染上乙肝病毒後，由於免疫耐受，常無症狀表現，至成年期發現而開始治療時，中間往往已間隔了十余年，乙肝病毒脫氧核糖核酸早已發生了多處基因整合。此時治療，即使血清中乙肝病毒多項指標，如“兩對半”中的e抗原等下降或消失，細胞內整合的病毒基因仍可在停藥後復制、表達，造成反跳、復發。這是造成乙肝難治的又一重要原因。
④基因變異
傳統上認為，病毒轉陰（如“大三陽”轉為“小三陽”）是病毒復制減弱、傳染性降低、病情好轉的標志。但最新研究表明，即使“大三陽”轉為“小三陽”，只要乙肝病毒脫氧核糖核酸（HBV-DNA）為陽性，就可能預示著乙肝病毒已發生變異。這種變異說明，病毒仍復制活躍，仍有傳染性。而且e抗原（HBeAg）不能表達，表示病毒不易被清除，易致慢性化發展。更糟的是，這種變異株對抗病毒治療不敏感，表現為復發率高、遠期療效不佳。
