1.乙肝疫苗接種後產生保護性抗體大約為90%
我國乙肝疫苗列入計劃免疫已經有10年以上，實踐證明乙肝疫苗接種是安全、有效的，尤其在高危人群的免疫保護方面意義更大。
目前采用0、1、6月方案在人群中廣泛接種，90%以上的接種者可產生保護性抗體，然而仍有5～10%的接種者不能產生抗體或產生的抗體滴度水平低，達不到保護性作用，因此，並不是所有全程接種乙肝疫苗後都能有效預防HBV感染，生活中仍應注意避免與乙肝病人的排洩物、血及分泌物接觸。
２.乙肝疫苗接種不能產生有效免疫應答（抗HBs）的原因
首先要看疫苗的種類和質量，接種的部位和途徑，接種的程序和劑量等是否正確，因為上述因素直接影響乙肝疫苗的免疫效果。
其次是個體因素，吸煙和飲酒可能損害機體的免疫功能。隨著年齡的增長，機體的免疫識別能力降低，因而有吸煙、飲酒嗜好及年長者接種乙肝疫苗後產生抗-HBs的能力較無此嗜好和年幼者弱。體重指數、精神壓力及接受免疫抑制劑治療等因素也會影響機體對乙肝疫苗免疫的應答，若伴有其他疾病如糖尿病、慢性腎功能不全、慢性HCV、HIV感染，接種乙肝疫苗後無免疫應答率就會明顯增加。
３.HBV“化妝”後影響疫苗的保護性
HBV分6個基因型，接種一種型別的乙肝疫苗就會產生針對此型病毒的保護性抗體，另外在多種因素的影響下，如：免疫力、抗病毒藥物等，HBV為了逃避清除而“改頭換面”———采取“化妝”策略（變異），使機體已經產生的抗HBs抗體不能識別“化妝”後的乙肝病毒，與變異株HBsAg的結合力下降，不能發揮抗HBs的保護性作用而感染HBV。
所以，接種全程乙肝疫苗後要定時檢測抗HBs滴度，如果滴度不高或呈陰性要采取相應的措施及時補救，同時注意個人衛生防護，以免感染HBV。
目前一些研究表明，有些特定基因型的人群接種乙肝疫苗後不出現保護性抗體，可見遺傳基因型在一定程度上決定著對乙肝疫苗的免疫應答的有或無。另外，有研究證明宮內感染HBV是新生兒接種乙肝疫苗免疫失敗的重要原因。因為胎兒期免疫系統尚未發育成熟，其免疫識別能力和免疫清除能力均低下，接觸HBV抗原後出現免疫耐受，不能產生有效的細胞免疫和體液免疫反應，不能清除HBV和產生有效的抗體成分，胎兒出生時體內就已經存在HBV感染，所以接種乙肝疫苗後不能產生免疫應答反應，不能產生抗HBs。
臨床工作中遇到經過多次常規接種乙肝疫苗後均不能產生抗HBs的年幼兒童，要考慮是否已經存在HBV感染，及時檢查乙肝標志物。當然最好是在免疫注射前先查乙肝標志物後再考慮是否需要注射乙肝疫苗，在全程免疫後還應復查是否產生了保護性抗體，這樣會更穩妥。
