干擾素治療階段最常見發熱、肌肉痛、疲乏等感冒症狀。可在注射α-干擾素後2－4小時給撲熱息痛片等解熱鎮痛劑對症處理，或將注射α-干擾素時間安排在晚上。有些病人注射後出現外周血白細胞和血小板一過性降低，停藥後可自行恢復，出現白細胞和血小板持續下降的情況，應注意嚴密觀察血象的變化，並及時對症治療，當白細胞＜2500／mm3，中性粒細胞數＜1000/ mm3，血小板計數＜3萬／mm3時，需停藥嚴密觀察，酌情對症治療，同時注意是否有出血傾向。血象恢復後可重新恢復治療。
應用干擾素需注意以下情況慎用或禁用：①出現血清膽紅素升高；②失代償性肝硬化;③自身免疫性疾病患者；④有重要髒器病變者（嚴重心、腎疾患及神經系統疾患等）；使用時應注意臨床觀察和監測血生化、甲狀腺功能、心電圖等。
其他副作用還有如寒戰、食欲減退、惡心、頭痛，偶見有嘔吐、腹瀉、味覺改變、嗜睡、低血壓、頭暈、多汗。常見實驗室檢查alt、ast升高。特殊不良反應可見突發性聽力喪失，可誘發ⅰ型糖尿病、酮症、心肌病，還可導致甲亢、高甘油三脂血症。國外報道應用干擾素期間禁用小柴胡湯，因可發生藥物特殊性間質性肺炎，還可出現不同程度情緒或情感異常。
