1.檢查項目不同
乙肝五項檢查即乙肝兩對半檢查，包括乙肝表面抗原（HBsAg）、乙肝表面抗體（HBsAb）、乙肝e抗原（HBeAg）、乙肝e抗體（HBeAb）、乙肝核心抗體（HBcAb）五項。
肝功能檢查項目包括：膽紅素、白蛋白、球蛋白、轉氨酶、r-谷氨酰轉肽酶等肝功能。
2.檢查要求不同
乙肝五項檢查一般沒有空腹的要求，但肝功能檢查一般要求保持空腹8－12小時以上，因為肝功能檢查中有膽紅素檢查的項目，當人體進食物後，膽囊分泌的膽汁會與被消化的食物一起吸收，引起血中總膽紅素的升高，會影響到肝功能檢查結果的准確性。
3.意義不同
乙肝檢查中乙肝五項和肝功能檢查的作用不同，其意義也不同，通過乙肝五項檢查可以判斷人體是否感染乙肝或區分病情，而肝功能則是查看肝髒有無受損或受損情況，以便更好的判斷人們健康問題。乙肝五項檢查是判斷人們是否感染乙肝病毒或粗略估計乙肝病毒復制水平，乙肝五項對患者體內是否感染了乙肝病毒是否得了乙肝，是否有抗體，或者對乙肝病毒的復制水平給出個大體描述，是判斷乙肝病情的一個重要的檢查項目。常見的病例有檢查項目中1.3.5為陽性即乙肝大三陽患者，1.4.5為陽性即乙肝小三陽患者。
乙肝五項就是我們常說的乙肝兩對半，乙肝五項檢查是用來判斷是否感染乙肝病毒或粗略估計乙肝病毒復制水平的初步檢查，乙肝五項對於病情嚴重程度的評估參考性不大，乙肝五項只能簡單的區別乙肝大三陽、乙肝小三陽或是已產生乙肝抗體。
肝功能是反映肝髒整體功能的一項指標，是衡量肝髒是否有肝細胞壞死或炎症存在的重要檢查。肝功能是反映肝髒的生理功能，肝功能檢查在於探測肝髒有無疾病、肝髒損害程度以及查明肝病原因、判斷預後和鑒別發生黃疸的病因等。肝功能的檢測對於肝髒疾病，如肝炎，肝硬化等疾病的判斷極為敏感和重要。當這些病變時，首先影響到肝髒的代謝功能、免疫功能、合成功能等，使得這些及其敏感的指標在肝功能檢查中體現出來。
可以這麼說，乙肝五項只是肝功檢查的一個方面。乙肝五項不能反映肝髒的損傷程度和體內病毒數量。一般來說，確診病情，只檢查乙肝五項是不行的，需要結合其他肝功檢查項目來確定。
所以，乙肝五項檢查和肝功能檢查屬於不同的概念，乙肝五項與肝功能檢查的區別最本質的在於：乙肝五項檢查是用來判斷人體攜帶乙肝病毒的狀態，而肝功能檢查卻是用來判斷肝損傷程度的檢查。乙肝患者通過這些檢查能夠判斷患者的病情，對乙肝療法的制定提供重要的依據。
