乙肝的病理極其復雜，短期治療是起不到好效果的，必須遵循“長期與反復”這個抗乙肝病毒的用藥原則。正規醫院的醫生在給病人做治療前，往往會給患者做比較詳盡的檢查，為的就是根據檢測結果了解患者的病情，做出正確的診斷，從而為患者尋求最佳的治療時機。如果治療時機掌握得好，患者完全可以在節約醫療費用的基礎上起到事半功倍的效果。
無症狀的HBV慢性攜帶者，最好定期查肝功等指標，擇期抗病毒治療。
如果乙肝患者的兩對半檢測結果是“大三陽”，HBV-DNA陽性，這種結果提示病毒在體內復制非常活躍，因而傳染性也比較強。這個時候，如果患者的肝功能是正常的、肝脾B超正常、血清肝纖維化指標正常，並且沒有任何的自覺症狀，帶毒時間超過半年，在臨床上，就被診斷為無症狀HBV慢性攜帶者。
此時，作為抗病毒治療就不是一個好的時期，因為此期患者正處於免疫耐受期，機體的免疫系統就像一頭沉睡的獅子一樣，免疫反應極弱或無，此期用藥多半無效。因此建議患者不需治療，但要注意定期檢測肝功能，最好2-3個月查一次，以尋找最佳治療時機，擇期進行抗病毒治療。
也有專家主張，對於經濟承受能力較強、且帶毒時間較長(5年以上)的慢性HBV攜帶者，考慮用免疫調節治療，以打破機體的“免疫耐受”，為抗病毒治療提供條件。臨床上也證實，對於慢性HBV攜帶者，在積極免疫調節的同時，予以系統、正規的抗病毒治療，是能取得一定的效果的，只是要付出較多的治療費用。
“大三陽”患者肝纖維化異常時，既要抗肝纖維化，又要抗病毒。
如果患者在做肝纖三項、肝纖四項時有明顯異常，並且B超提示肝實質回聲增強、增粗，並有網狀或結節狀時，這表明患者有明顯的肝纖維化，有向肝硬化進展的趨勢。
這個時候一定要以抗纖維化治療為主，如果患者同時是“大三陽”和/或HBV-DNA陽性的話，則應抗肝纖維化與抗病毒並舉。
“大三陽”患者谷丙轉氨酶顯著升高時，應以保肝護肝為主，適時抗病毒治療。
在臨床上還可以經常碰到這樣一種情況，既是“大三陽”，又是HBV-DNA陽性，並且谷丙轉氨酶非常高，檢測值超過400U/L甚至1000U/L以上，這種情況提示機體正處於免疫清除期，在此期抗病毒治療往往會取得非常明顯的效果.但因為患者的免疫反應過於強烈，肝細胞損傷嚴重，所以要先行保肝護肝治療以促進肝細胞的修復和再生，等到轉氨酶降至200U/L左右時，再予以系統抗病毒治療。
