一般來說，乙型肝炎病毒(HBV)入侵肝細胞後，HBV不直接損害肝細胞，或者說乙型肝炎不是HBV直接損害所引起的，而是HBV感染後激發起的人體免疫應答。
所謂免疫應答是指抗原(HBV)侵入人體後首先由巨噬細胞撮取和處理後，將抗原信息傳遞給T淋巴細胞和B淋巴細胞，這兩種淋巴細胞進行增殖和分化，T淋巴細胞分化成淋巴母細胞，最終成為致敏的T淋巴細胞，其中細胞毒性T淋巴細胞(CTL，或TC)識別被HBV感染了的肝細胞後即產生穿孔素和顆粒酶損害了肝細胞膜，Na+、Ca2+和水流入肝細胞內，K+從肝細胞內流出，引起肝細胞溶解破壞。
此外CD，Th(細胞表面有CD標志的輔助T淋巴細胞)釋放多種淋巴因子引起肝細胞炎症反應，此種變化稱為“細胞免疫”，這就是乙型肝炎發病的機制。B淋巴細胞分泌抗體在血中，稱為“體液免疫”，抗體不能進入肝細胞內，既不能破壞肝細胞，也不能殺滅肝細胞內的HBV，故乙型肝炎的發病主要是細胞免疫所致。
但肝細胞破壞溶解後.HBV從肝細胞內釋放出，可被巨噬細胞吞噬，或與乙型肝炎表面抗體(抗- HBs)結合，成為免疫復合物後被巨噬細胞吞噬井由腎排出，使HBV得以清除，以防止肝細胞破壞後釋放出的HBV再次侵入未受感染的肝細胞。
近來有人發現免疫應答過程中產生的細胞因子，如r一干擾素等可不通過肝細胞的溶解，在肝細胞內清除HBV。
