原發性肝細胞癌的治療方法大致包括手術治療（肝切除術、肝移植和姑息治療手術）、非手術治療（局部治療、動脈化療栓塞、化療、放療、生物治療和分子靶向治療）。
就目前的外科操作技術而言，腫瘤大小已不是手術的關鍵限制因素。能否切除和切除的療效不僅與腫瘤大小和數目有關，還與肝髒功能、肝硬化程度、腫瘤部位、腫瘤界限、有無完整包膜及靜脈癌栓等有非常密切的關系。
肝切除方法包括根治性切除和姑息性切除。根治性切除是指：①腫瘤數目不超過2個；②無門脈主干及一級分支、總肝管及一級分支、肝靜脈主干及下腔靜脈癌栓；③無肝內、外轉移，完整切除肉眼所見腫瘤，切緣無殘癌；④術後影像學檢查未見腫瘤殘存，術前甲胎蛋白（AFP）陽性者術後隨訪2個月內血清AFP降至正常。
肝切除術患者的一般情況（必備條件）：一般情況良好，無明顯心、肺、腎等重要髒器器質性病變；肝功能正常，或僅有輕度損害（Child-PughA級），或肝功能分級屬B級，經短期護肝治療後恢復到A級；肝儲備功能[如吲哚菁綠15分鐘儲留率（ICGR15）]基本在正常范圍以內；無不可切除的肝外轉移性腫瘤。
可行根治性肝切除的局部病變須滿足下列條件：①單發肝癌，表面較光滑，周圍界限較清楚或有假包膜形成，受腫瘤破壞的肝組織<30%，或受腫瘤破壞的肝組織>30%但無瘤側肝髒明顯代償性增大達全肝組織的50%以上；②多發性腫瘤，結節<3個，且局限在肝髒的一段或一葉內。
可行姑息性肝切除的局部病變須符合下列條件：①3～5個多發性腫瘤，超越半肝范圍者，行多處局限性切除；②腫瘤局限於相鄰2～3個肝段或半肝內，無瘤肝組織明顯代償性增大達全肝的50%以上；③肝中央區（中葉或Ⅳ、Ⅴ、Ⅷ段）肝癌，無瘤肝組織明顯代償性增大達全肝的50%以上；④肝門部有淋巴結轉移者，切除腫瘤的同時行淋巴結清掃或術後治療；⑤周圍髒器受侵犯者一並切除。
如何選擇肝切除和肝移植，目前尚無統一的標准。一般認為，對於局限性肝癌，如果患者不伴有肝硬化，則應首選肝切除；如果合並肝硬化，肝功能失代償（Child-PughC級），且符合移植條件，應首選肝移植；對於可切除的局限性肝癌且肝功能代償良好（Child-PughA級），是否可進行肝移植，目前爭議較大。歐洲專家支持首選肝移植，理由是肝切除的復發率高，符合Milan標准的肝移植患者的長期生存率和無瘤生存率顯著優於肝切除患者。就某一患者而言，強調根據具體情況，綜合評價分析，制定手術方案。此外，對於可切除的肝癌，即使影像學表現為局限性可切除肝癌，也應進行術前血管造影，因其可發現其他影像學手段無法發現的病灶，還可明確有無血管侵犯。
