1、兒童體質指數異常
體重過輕或者超重甚至肥胖均是導致兒童乙肝疫苗接種無（弱）應答的重要因素。有研究認為“體質指數”為免疫失敗的影響因素之一。對早產兒乙肝疫苗接種後免疫效果的回顧性分析顯示，體重和接種劑量是影響早產兒乙肝疫苗的免疫效果的主要因素。早產兒體重過輕影響免疫應答效果。另有研究表明肥胖也可影響接種效果，其他研究也證實，體重超重是兒童乙肝疫苗接種不應答的影響因素。
2、兒童免疫功耐受
兒童接種已經疫苗後無或弱應答與免疫耐受有關，而乙肝病毒感染或攜帶者是免疫耐受的重要原因之一。如果家中有乙肝病毒攜帶者可能已導致了受試者感染，或者其他自然原因感染了乙肝病毒，這兩者注射乙肝疫苗後均不會產生預期效果。大量研究提示，母親為乙肝病毒感染者的新生兒抗-HBs陽轉率明顯偏低，原因可能是胎兒接觸乙肝病毒抗原，致使T細胞產生不同程度的免疫耐受，並對抗-HBs陽轉形成負免疫調節作用，導致新生兒出生後對乙肝疫苗低應答。而如果不發生耐受，母親攜帶HBsA克則會增加自然感染的機會而引起免疫兒童的自然加強免疫。
接種乙肝疫苗為預防乙肝的最有效方式，大部分小兒在接種已經疫苗後能產生抗體，但也有一部分小兒接種失敗，主要與以下因素有關。
1、反復呼吸道感染
小兒因機體免疫力低下，易發生各種感染，呼吸道感染最為常見，呼吸道感染可使患兒機體免疫力進一步下降，有研究表明反復呼吸道感染繼發免疫功能低下發生率達77.5%，乙肝疫苗免疫接種失敗率達63.6%。
2、缺鋅
鋅是人體必需的微量元素之一，也維持機體正常免疫力的重要元素，兒童因胃腸道道功能尚未完善以及飲食中攝入不足等，易發生缺鋅。有研究表明小兒鋅缺乏繼發免疫功能低下達95.7%，乙肝免疫失敗率達64.7%，可通過補鋅使小兒免疫功能恢復正常後，再次接種。
3、濫用激素
糖皮質激素對免疫反應的多個環節都有抑制作用，小劑量主要抑制細胞免疫，大劑量可抑制體液免疫，濫用激素勢必引起免疫功能低下。有研究顯示濫用激素免疫功能低下發生率達90.2%，乙肝疫苗免疫失敗率為14.4%。
4、已感染乙肝
由於中國是乙肝大國，在一部分母親是乙肝患者，有研究表明HBsAg、HBeAg均陽性母親所生的新生兒接種乙肝疫苗後保護率為70%～80%，但仍有20%～30%免疫失敗，這主要與小兒經母嬰傳播已感染乙肝有關。
