丙肝病毒是一種直徑不到80納米，有包膜的單股正鏈核糖核酸（RNA）病毒，屬於黃病毒科家系。
肝病毒有和其他病毒一樣的“秉性”，但也很有“個性”。和其他病毒一樣，丙肝病毒會發生變異。但丙肝病毒的變異發生得太狡猾了！它可通過一些特殊的機制，把自己重要的基因隱藏起來，並保持其相對穩定；而把不太重要的、免疫選擇和進化的基因放在容易發生變異的位置，像孫悟空七十二變一樣不停地變換著花樣，使病毒能很快適應環境和逃避人體免疫系統對它的清除。和其他病毒一樣，丙肝病毒不能自己合成蛋白，所以它感染人體後常“借用”人體細胞的蛋白合成機制來合成病毒的蛋白。但丙肝病毒做事也太絕了！它不但利用人體細胞的蛋白合成機制，還在細胞內進行破壞活動。當丙肝病毒在肝細胞內復制時，常引起肝細胞結構和功能改變或干擾肝細胞蛋白合成，造成肝細胞變性壞死。這樣一來，它不但像乙肝病毒那樣通過人體免疫系統造成肝細胞壞死，而更主要是對肝細胞的直接破壞作用引起肝炎。因此，約有50%以上的丙肝病毒感染者會發展為慢性肝炎、20%發展成肝硬化、12%發展成肝癌。人們已經發現，丙肝病毒的核心蛋白與致癌有關。
人類對丙肝病毒感染的保護性免疫產生能力較差，能再感染不同株，甚至同株的丙肝病毒。這可能與丙肝病毒感染後病毒在血中的水平低及其基因變異有關。因此，丙肝病毒感染後不能使機體立即產生對它的抗體，或產生的抗體非常低，以致人類目前采用的方法不能發現這些抗體的存在。因此，感染丙肝病毒後也像感染艾滋病一樣有一個較長的“窗口期”。盡管人們不斷更新檢測方法，使“窗口期”從原來的平均15周縮短到平均11周，但比起甲肝和戊肝的30天還是顯得長多了。如果在這種“窗口期”內去獻血，丙肝病毒是完全可能蒙混過關的。
由於丙肝病毒基因中的某些成分變化太大了，人們只好按照它們的“長相”給病毒進行分類：把它們核苷酸序列相似部分超過75%的病毒株歸為一類。這樣一來，丙肝病毒至少有6個兄弟。其中老大（Ⅰ型）、老二（Ⅱ型）和老三（Ⅲ型）是最常見的。
不同國家所感染的丙肝病毒類型也不同。歐美國家多數為Ⅰ型感染，而亞洲國家以Ⅱ型為主，Ⅲ型次之；中東的非洲一些國家的主要流行株是Ⅳ型和Ⅴ型。有人統計過我國的慢性丙型肝炎患者丙肝病毒的類型：北京地區86.2%為Ⅱ型感染，Ⅲ型感染為13.8%；新疆病人中Ⅲ型感染占50%。不同基因型的丙肝病毒感染引起臨床過程和干擾素治療反應也有些不同，一般認為丙肝病毒基因Ⅰ型感染較基因Ⅱ或Ⅲ型對干擾素治療的反應差（療效不好），基因Ⅲ型病毒株感染用干擾素的療效最好。
現在，由於分子生物學技術的發展，人們越來越多地了解了丙肝病毒的“秉性”，這樣一來，人們也會想出更多的對付丙肝病毒的辦法，以便更准確地發現丙肝病毒感染者，更有效地對丙型肝炎患者進行治療。
