丙型肝炎由丙型肝炎病毒(HCV)感染所致。在1989年美國人Choo等從受感染的黑猩猩血液標本中發現HCV之前，醫學界一直稱它為輸血後或體液傳播型非甲非乙型肝炎病毒。
在電鏡下HCV為55nm直徑的球形顆粒，去包膜後為33nm直徑的核殼蛋白包括的核心部分，內含單股正鏈RNA基因組。基因組兩側分別為5’ 編碼區和3’非編碼區。各自編碼不同功能的蛋白質。
根據核苷酸序列同源程度，可將HCV分為若干個基因型和亞型。一般分為6型。基因型分布具有明顯地域性。中國大陸北方以2a型為主，南方以1b型為主。
HCV是多變異的病毒，在同型各株間，甚至同一患者不同時期分離的克隆之間亦有差異。基因序列的差異，將導致編碼產物抗原型的不同。在制備試劑方面有實際意義。
