人體有些結構十分隱蔽，例如人的生命中樞——腦干，小腦位於腦的深部，有厚實的顱骨保護，又如脊髓全部位於椎骨組成的椎管內，再如胸腔內的縱隔，內有氣管、食管，諸多動脈、靜脈、神經等通過，心髒位於其中，結構十分復雜。腫瘤若長在這些部位，用ct等檢查方法就很難發現，mri檢查的好處就在於勝過ct一籌，能直接顯示這些部位的腫瘤。
mri對軟組織(指肌肉、神經、脂肪等組織)的分辨本領大，故善於發現早期腫瘤。例如聽神經瘤(長在聽神經上的腫瘤，影響聽力造成耳聾)，早期長在內耳道內，直徑只有幾毫米，用一般方法是很難查出的，mri卻有顯示這些小瘤的本領，如果在早期，采用顯微手術摘除，就可以保全聽力，避免日後腫瘤長大壓迫其他神經和腦干。又如有位繼發性癫痫的病員，幾次ct檢查均未發現病灶，最後作mri檢查，發現大腦頂葉有一直徑不到1cm的轉移瘤。
以前要確診心髒的腫瘤總要大動干戈，在大血管內插入導管，注射大量造影劑，有一定的痛苦和危險。用mri可直接顯示檢查，不必插管、造影，既安全、簡便，又可靠。
