病毒治療的適應征提出指導意見——不活動的攜帶者或低度復制者(大多為ALT正常的小三陽患者)不需要進行抗病毒治療，即不需要針對罹患肝癌的可能性進行藥物預防。為此，北京協和醫院肝外科醫生提出質疑，根據我國的臨床經驗，大部分乙肝相關性肝癌患者在最初確診時，多為ALT正常的小三陽患者，不應忽略乙肝小三陽與肝癌的關聯性。這部分患者恰恰因為其乙肝相關檢查多為正常或者陰性而最容易被忽略，他們在臨床上的受重視程度遠遠低於大三陽、活動性肝炎患者。
國外研究者認為，乙肝小三陽患者的預後較好，而且沒有證據證明抗病毒治療可以進一步改善其預後。但是基於大量臨床實踐，協和醫院肝外科醫生指出，首先，即使乙肝小三陽患者預後較好，然而病毒並未完全清除，這部分患者的長期風險(肝硬化、肝癌等)仍然顯著高於正常人群。我們初步研究顯示，乙肝小三陽與大三陽有著近似的肝癌發病率。之所以沒有證據證明抗病毒治療在這部分患者中效果，是因為所有慢性乙肝治療指南均不建議治療，從而形成了一個悖論。既然大量研究顯示目前的抗病毒藥物可以有效抑制病毒復制並降低HBV DNA水平，而且這些藥物的副作用相對較小，那麼不如同時在有條件的患者中進行試驗性治療，從而獲得抗病毒治療與長期預後之間相關性的直接證據。
我國醫學家的意見受到國際醫學組織的高度重視，在收到協和肝外科醫生質疑郵件的第二天，美國肝病研究會官方雜志《Hepatology》作為目前國際肝病學界最權威的雜志的主編就給予回應，並將此信轉給該指導意見的原作者之一Anna S.F.Lok教授。Lok教授回信稱，她完全贊同協和肝外科醫生的觀點，應該在肝功能正常的乙肝小三陽人群中開展長期、大規模抗病毒治療臨床試驗。兩文均在美國官方雜志《Hepatology》全文發表。
根據衛生部在2006年開展的全國人群乙肝等相關疾病血清流行病學調查結果，我國1至59歲人群乙肝表面抗原(HBsAg)攜帶率為7.18%，約9300萬人，無論是絕對數量還是相對比例在世界上都居前列。作為乙肝及肝癌高發的中國大陸，最有資格成為世界乙肝及相關疾病防治指南的制定者。協和醫生將負起責任，著力進行針對乙肝與肝癌關系的大宗前瞻性研究，從而為確定乙型肝炎抗病毒治療的指征和終點提供依據，最終制定出國際適用的乙肝及肝癌防治指南。
