1、繼發性肝癌：繼發性肝癌與原發性肝癌比較，繼發性肝癌病情發展緩慢，症狀較輕，其中以繼發於胃癌的最多，其次為肺、結腸、胰腺、乳腺等的癌灶常轉移至肝。常表現為多個結節型病灶，甲胎蛋白(AFP)檢測除少數原發癌在消化的病例可陽性外，一般多為陰性。
2、肝硬化：肝癌多發生在肝硬化的基礎上，兩者鑒別常有困難。鑒別在於詳細病史、體格檢查聯系實驗室檢查。肝硬化病情發展較慢有反復，肝功能損害較顯著，血清甲胎蛋白(AFP)陽性多提示癌變。少數肝硬化患者也可有血清AFP升高，但通常為“一過性”且往往伴有轉氨酶顯著升高，而肝癌則血清AFP持續上升，往往超過500ng/ml，此時與轉氨酶下降呈曲線分離現象。甲胎蛋白異質體LCA非結合型含量>75%提示非癌肝病。如果肝硬化病人出現進行性肝腫大，質硬而有結節，影像學診斷揭示占位病變，應當反復檢測AFP，嚴密觀察。徐州市中醫院普外科吳建華
3、活動性肝病：以下幾點有助於肝癌與活動性肝病(急慢性肝炎)的鑒別。AFP甲胎球蛋白檢查和SGPT谷丙轉氨酶必須同時檢測，如二者動態曲線平行或同步升高，或SGPT持續升高至正常的數倍，則活動性肝病的可能性大;如二者曲線分離，AFP升高，SGPT正常或降低，則應多考慮原發性肝癌。影象學檢查以B超為主，必要時在B超下進行細針肝活檢。應反復動態觀察，可配合CT和MRI(核磁共振)。
4、肝膿腫：表現發熱、肝區疼痛、有炎症感染症狀表現，白細胞數常升高，肝區叩擊痛和觸痛明顯，左上腹肌緊張，周圍胸腔壁常有水腫。臨床反復多次超聲檢查常可發現膿腫的液性暗區。超聲導引下診斷性肝穿刺，有助於確診。
5、肝海綿狀血管瘤:本病為肝內良性占位性病變，常因查體B型超聲或核素掃描等偶然發現。本病我國多見。鑒別診斷主要依靠甲胎蛋白測定，B型超聲及肝血管造影。肝血管造影主要有以下特點：①肝血管的粗細正常，瘤體較大時可有血管移位。②無動靜脈交通。③門靜脈正常，無癌栓。④血池影延續至靜脈相、成為濃度大的微密影;血池的分布構畫出海綿狀血管瘤的大小和形態為其特征性表現。
6、肝包蟲病:患者有肝髒進行性腫大，質地堅硬和結節感、晚期肝髒大部分被破壞，臨床表現極似原發性肝癌。但本病一般病程較長，約2-3年或更長的病史，進展較緩慢，可憑流行區居住史、多囊肝肝包蟲病等可用(甲胎蛋白)AFP、核素血池掃描和超聲、CT等幫助診斷,肝包囊蟲液皮膚試驗陽性、甲胎蛋白陰性等各項檢查相鑒別。
7、鄰近肝區的肝外腫瘤：如胃癌、上腹部高位腹膜後腫瘤，來自腎、腎上腺、結腸、胰腺癌及腹膜後腫瘤等易與原發性肝癌相混淆。除甲胎蛋白多為陰性可助區別外，病史、臨床表現不同，特別超聲、CT MRI等影像學檢查、胃腸道X線檢查等均可作出鑒別診斷。目前與小肝癌相混淆的肝髒良性病變如腺瘤樣增生、肝硬化再生結節、局灶性結節性增生等鑒別尚有一定困難，定期隨訪必要時作實時超聲引導下穿刺活檢可助診斷。不能排除惡性腫瘤時為不失早期根治機會其鑒別主要靠影像學診斷和AFP必要時亦可考慮剖腹探查。
