大量研究表明，慢性脂肪肝與肝纖維化和肝硬化關系密切。無論慢性脂肪肝的病因為何，部分患者最終可發展為肝硬化，尤其是酒精性脂肪肝。長期大量飲酒，首先造成脂肪肝，如仍持續大量飲酒，則可經酒精性肝炎導致肝硬化。
大量飲酒引起脂肪肝的最低時限一般為5年，引起肝硬化的最低時限為10～15年，但小於上述時限也可發生酒精性脂肪肝和肝硬化。現發現，酒精性脂肪肝一旦出現中央靜脈周圍纖維化，病變可迅速由脂肪肝直接發展至肝硬化。
此過程並非良性，最快2年內即可由脂肪肝發展為肝硬化。國外一項研究表明，平均每年約有10%左右的脂肪肝患者發生肝硬化。
與酒精性脂肪肝相比，非酒精性脂肪肝發生肝纖維化和肝硬化的機會較低，進程相對緩慢。並且，非酒精性脂肪肝必須在非酒精性脂肪性肝炎的基礎上才會發展為肝硬化，即非酒精性脂肪性肝炎是非酒精性脂肪肝發展為肝硬化的中間階段。
既往認為，非酒精性脂肪性肝炎是一種良性疾病，發展緩慢，極少或不發生肝硬化和肝功能衰竭。但最近的研究有了新的認識，發現在重度肥胖症所致的脂肪肝中，約1/4的患者同時合並肝纖維化，1.5%～8%的患者發生肝硬化，同時也發現，非酒精性脂肪性肝炎的患者在體重減輕後病變可以逆轉，但若不治療最終可發展為肝硬化。
我國肝癌高發主要與乙型肝炎病毒、黃曲霉毒、飲水污染、某些微量元素缺乏、嗜酒、肝硬變、丙型肝炎病毒、以及遺傳因素等有關。在西方國家，酒精是引起肝癌的重要因素，慢性嗜酒者中2%～3%將通過肝硬化發展成肝癌。
脂肪肝是各種肝毒性損傷的早期表現。脂肪肝本身與肝癌並無直接關系，但脂肪肝的病因之一酒精所致的肝硬化與肝癌有一定的關系。非酒精性脂肪性肝硬化也可並發肝細胞癌。
