1、巨大肝囊腫。少數肝囊腫生長速度較快，當超過10厘米直徑時，可稱之為巨大肝囊腫。巨大肝囊腫容易引起壓迫症狀，影響生活和工作，可考慮進行治療。
2、囊腫繼發感染。肝囊腫一般很少繼發感染，但少數肝囊腫可繼發感染，這些患者可有肝區疼痛、發燒、血白細胞升高等炎症表現，B超檢查可顯示增厚的囊壁、液性暗區及混雜的增強光點(提示膿液)。對這些患者不應繼續觀察，而應及時治療。
3、囊腫繼發出血。少數肝囊腫的囊壁血管可自發破裂導致囊內出血。有的患者並無明顯症狀，但也有的患者肝區劇烈疼痛，酷似急腹症，如保守治療無效應進行手術治療。
4、囊腫扭轉者。這是指懸垂型囊腫，囊腫扭轉會產生劇烈疼痛，手術也許是唯一的治療方法。但這種懸垂型肝囊腫甚為罕見。
