臨床上肝囊腫的診斷並不困難，根據患者的臨床表現，結合b超檢查多能很快診斷肝囊腫，而且簡單可靠。但是巨大孤立性肝囊腫在診斷時需要與卵巢囊腫、肝包蟲囊腫、膽經積水、胰腺囊腫等鑒別。
與卵巢囊腫的鑒別：巨大卵巢囊腫或腸系膜囊腫主要位於臍區、恥區，而肝髒大小正常，一般容易鑒別。 與肝包蟲囊腫的鑒別：肝包蟲囊腫雖位於肝髒，但患者多來自牧區，有羊、犬等接觸史，囊腫較大，觸之硬切，扪之有層額，皮內試驗陽性等特點，-般也容易鑒別。 與膽經積水的鑒別：有膽經積水多有膽囊炎病史，於膽囊區可觸及表面光滑有壓痛的腫塊，肥痰造影膽囊不段影，這些表現都可以作為鑒別時的參考。
與胰腺囊腫的鑒別：巨大肝囊腫位於肝髒，囊腫會隨呼吸上下移動，無壓痛，易被推向下後方;而胰腺囊腫位於胃後深部，有壓痛，常有胰腺炎病史，肖被推向前下方，放射性核親肝掃描和超產槍合可以鑒別。
右腎與心側肝髒毗鄰，故有時右側腎盂積水或右腎囊腫易與右肝囊腫相混淆，但借助腎孟靜脈造影、超聲檢查和放射性核素仍可鑒別。
多囊肝在診斷過程中應注意與肝海綿狀血管瘤等相鑒別;多發性肝囊腫還應注與腎、肺以及其他器官的先天性畸形鑒別，如發現多囊腎，則對確診多囊肝很有幫助。強化ct掃拙和mri可鑒別，選擇件肝動脈造影對診斷也有幫助。
