甲肝病毒主要存在於甲肝患者或隱匿性感染者的糞便中，排毒期長2-3周，在潛伏期末的發病初期大量排毒。因此，甲肝潛伏後期及黃疸出現前數日傳染性最強，當黃疸高峰後逐漸消退時，病情好轉，傳染性亦減弱。一般黃疸出現後兩周，雖部分患者糞便中仍可檢出病毒顆粒，但實際傳染性明顯下降，黃疸出現後3周時，患者糞便中已很難找到甲肝病毒，此時基本上無傳染性。
近年有人認為，急性甲、乙肝炎患者同住一室，對其出院的乙肝患者進行隨訪觀察，未發現交叉感染甲肝的現象，因此，對黃疸消退後甲肝患者，已無需再行嚴格限制或隔離。但為了最大限度地防止甲肝擴散，我國規定對甲肝患者采取隔離措施，自發病日起不少於30日。
