肝吸蟲病（又名：華支睾吸蟲病）的並發症很多，中山醫科大學統計的2214例，有並發症21種共1220例占55.10%。最常見為膽道感染膽囊炎和膽石症等膽系並發症共474例占21.41%。蟲很多時還能阻塞膽道引起阻塞性黃疸，有自膽總管去除450條成蟲後得以痊愈的病例。
此外引起細菌性肝膿腫10例占0.45%，並發肝硬化135例占6.09%，膽管細胞癌5例占0.22%，在兒童引起侏儒症32例占1.44%。並發胰腺炎糖尿病等胰腺疾患28例占1.26%，並發潰瘍病慢性胃炎慢性結腸炎等胃腸道疾患208例占9.39%。
根據對廣州地區有華支睾吸蟲感染者10486例和無此吸蟲感染者87039例住院病歷的分析結果，膽石症、膽管炎、膽囊炎、肝硬化、原發性肝癌、和糖尿病的發生率有此吸蟲感染者顯著高於無此吸蟲感染者。
在流行區常見先感染華支睾吸蟲後再感染病毒性肝炎者。患病毒性肝炎後其乏力及納差等消化道症狀會明顯加重，肝脾大可較顯著。
肝功能不易恢復正常並常存在肝膽道感染，其黃疸亦較難消退，亦有慢性病毒性肝炎患者再感染華支睾吸蟲而致病情加重的報道。
