本病應與下列疾病作鑒別診斷：
1.肝片形吸蟲病 由肝片形吸蟲(fasciola hepatica)寄生於牛、羊的膽管或肝髒所引起，是家畜寄生蟲病。人偶可因食用含有此蟲囊蚴的水生植物或飲用被囊蚴污染的生水而感染。其臨床表現與華支睾吸蟲病相似，但病情較重。梗阻性黃疸較常見，易並發膽道出。血糞便發現蟲卵可確診。我國已有十余例報告。
2.異形吸蟲病 華支睾吸蟲與異形吸蟲(heterophyes heterophyes)的混合感染或異形吸蟲單獨感染的例子我國已有發現。異形吸蟲的生活史與華支睾吸蟲相似，但此蟲主要寄生於腸黏膜深處。可隨血流侵入人體其他髒器造成局部栓塞與異位損害。異形吸蟲的蟲卵與華支睾吸蟲的蟲卵的形態大小極為相似。在糞檢時應注意鑒別。
3.其他吸蟲病 橫川後殖吸蟲(metagonimus yokogawai)及貓後睾吸蟲(opisthorchis felineus)的蟲卵均與華支睾吸蟲的蟲卵很相似。亦應注意鑒別，橫川後殖吸蟲病在我國已發現10余例。在世界許多地區都有。人體貓後睾吸蟲感染感染人數估計超過100萬人。我國還沒有確實的人體感染報道。
4.無黃疸型病毒性肝炎 無進食未經煮熟的淡水魚(或蝦)歷史。有與病毒性肝炎患者密切接觸史。其消化道症狀及肝區隱痛等均較顯著，肝髒普遍腫大肝功能明顯異常，肝炎病毒的血清學標志物檢測可呈陽性，糞便檢查無華支睾吸蟲卵。
5.膽囊炎 華支睾吸蟲所引起的膽囊炎、膽管炎、應與膽石症及合並細菌感染引起膽囊炎相鑒別，它們的臨床症狀相似血清免疫檢測及糞便蟲卵檢查陽性可明確診斷。
6.原發性肝癌 患者年齡較大，肝痛較明顯。肝髒進行性腫大，表面可觸及結節及腫塊。全身消瘦、甲胎蛋白明顯增、高超聲波檢查、放射性核素肝掃描ct或磁共振檢查均可輔助診斷，肝活體組織檢查可明確診斷。
