（一）病原治療：吡喹酮是治療本病的首選藥物，為廣譜抗蠕蟲藥，毒性低，吸收、代謝、排洩快，對華支睾吸蟲病有肯定而滿意的療效。
治療劑量，無論感染輕重，以25mg/kg，短暫，可有頭痛、頭暈、腹痛、腹瀉、惡心、乏力等，一般治療劑量對心、肝、腎均無明顯影響，個別病人可有心律失常、早搏等，治療前宜做常規心髒檢查（包括心電圖），心功能不良者慎用或劑量酌減。
此外，丙硫咪唑於本病也有較好的去蟲效果，劑量每次10mg/kg，2次/d，連服7d，可獲滿意療效，但療程較長。
短程治療可選用總劑量60—84mg/kg為，分3天服用，效果亦佳。本藥較吡喹酮副作用更輕，停藥後自行緩解，驅蟲更為安全。
（二）對症和支持治療： 對重度感染有較重營養不良者，應加強營養，給予高度蛋白高熱量飲食，少量多餐。
如患者消化功能不好，不能接受過多飲食則考慮靜注葡萄糖液、復方氨基酸、水解蛋白等以供應熱量及補充蛋白質。
肝功能明顯損害者，使用護肝降酶藥物保護肝，待情況好轉後方予驅蟲。
合並膽道細菌感染時，加用抗菌藥物。若合並膽總管狹窄梗阻、膽石症、則予手術治療，術後予以驅蟲。
