肝吸蟲病潛伏期為1個月左右，輕度感染常無明顯症狀，僅在病人糞便中發現蟲卵，少數有輕度上腹部不適、腹瀉等。較重感染者起病緩慢，除有納差、腹瀉、腹脹等消化道症狀外，常有心悸、失眠、眩暈等神經衰弱症狀。肝腫大以左葉為著，少數反復感染者，最終可發展為肝硬化和門脈高壓。嚴重感染的兒童，可出現營養不良和生長發育障礙。對本病缺乏免疫力，或連續多次大量感染者，可在大便未查見蟲卵之前，突然發生寒戰、高熱和腹瀉，肝腫大並有壓痛，少數有脾腫大和黃疸，嗜酸性粒細胞明顯增高。一般將本病分為以下臨床類型：
肝炎型：最為常見，有乏力、上腹不適、腹脹、食欲減退、肝區不適或隱痛。體檢有肝髒輕、中度腫大，常無壓痛，部分病人血清轉氨酶輕度升高。如不注意詢問流行病史，易將本病誤診為病毒型肝炎。
膽管炎型：病人有畏寒、寒戰、發熱，同時伴有上腹陣發性絞痛，有時有黃疸，周圍血白細胞總數增高，此型病人常並發膽管炎或膽囊結石。
胃腸炎型：表現為腹脹、腹瀉，大便每日約3～4次，無膿血，鏡檢常無異常發現。
肝硬化型：表現為肝髒腫大，質硬，有腹水、脾腫大、血漿白蛋白降低、貧血和下肢浮腫，此型在流行期以兒童為多見，多伴有營養不良。
侏儒型：此型常同時伴有肝硬化，多發生於嚴重肝感染的兒童病例。
隱匿型：此型最為多見，一般無症狀，僅在體檢、流行病學調查或因其他疾病就診時而發現。
混合型：在患病期間同時伴有上述各類型。
