華支睾吸蟲病的傳播有賴於糞便中的蟲卵有機會下水，而水中存在第一、第二中間宿主以及當地人群有生吃或半生吃淡水魚蝦的習慣。
作為華支睾吸蟲第一中間宿主的淡水螺可歸為4科6屬8個種，最常見的有：紋沼螺、赤豆螺（傅氏豆螺）、長角涵螺。這些螺均為坑塘、溝渠中小型螺類，適應能力強。
各種螺感染華支睾吸蟲程度各地報道不相同，而且毛蚴感染率隨季節變化。如四川安岳縣的現場調查，華支睾吸蟲毛蚴感染赤豆螺以5～10月為高，11～3月感染率幾乎為零。
這可能與水溫有密切關系，也與當地在3月份大量施放人糞有關。在螺體內，華支睾吸蟲一般只發育至尾蚴階段。
但也有報道華支睾吸蟲在螺體內能發育成為囊蚴，這可能是尾蚴成熟後因環境變遷，螺不能在水內生活，尾蚴不能逸出，而進一步發育為囊蚴。
華支睾吸蟲對第二中間宿主的選擇性不強，國內已證實的淡水魚宿主有12科39屬68種。但從流行病學角度看，養殖的淡水鯉科魚類，如草魚（白鲩，鲩魚）、青魚（黑鲩）、鲢魚、鳙魚（大頭魚）、鲮魚、鯉魚、鳊魚和鲫魚等特別重要。
野生小型魚類如麥穗魚、克氏鲦魚感染率很高，與兒童華支睾吸蟲病有關。在台灣省日月潭地區，上述兩種小魚華支睾吸蟲囊蚴的感染率甚至高達100%。
1988年的調查資料表明在黑龍江佳木斯地區的麥穗魚感染率也為100%.囊蚴可分布在魚體的各部分，如肌肉、皮、頭、鰓、鳍及鱗等，一般以魚肌肉最多，尤其在魚體中部的背部和尾部較多。
也可因魚的種屬不同，囊蚴的分布亦不同。除淡水魚外，淡水蝦如細足米蝦、巨掌沼蝦等也可有囊蚴寄生。
