藥物劑量過大
中藥治療乙肝非常普遍，一些中藥處方，個別藥味劑量過大，超過國家藥典規定的幾倍，例如川楝子用量達到20克，山豆根達到30克。這些中藥超量使用，對於肝髒損害明顯，因為使用中藥劑量過大，造成藥物性肝損害的患者並不少見。對於兒童患者，劑量一定要把握准確，使用任何藥物治療，都需要根據公斤體重數，換算正確的治療劑量。
突然停藥
治療乙肝的方案一經確立，應該認真堅持，不能突然停藥，療程完成後，應在醫師指導下逐步停藥，不能在療程過程中擅自停藥，否則病情會有復發和 “反彈”，這方面的典型事例就是拉米夫定，不少患者在使用拉米夫定過程中，不到療程時間，或是不到停藥標准，就擅自停藥，致使病情反復，有的病情突然加劇。
不該用藥時，卻用了藥
乙肝患者中的80%左右，都是乙肝病毒攜帶者，尤其是兒童和少年，處於免疫耐受階段，此時對於各種治療無應答，各種治療用藥都起不到理想的效果，此時大量用藥治療，不僅浪費錢財，還會打破機體免疫沉默狀態，使得肝功出現異常，有時這種異常反反復復，纏綿難愈。
該用藥時，用錯了藥
不少乙肝患者肝功異常，轉氨酶升高，本應是抗病毒治療的時機，應該使用合適的抗病毒藥物，但是卻使用起抗肝纖維化藥物，使得肝功異常加重。肝硬化腹水，應該加強利尿，補充白蛋白，但是卻用上干擾素等抗病毒藥物，致使肝功進一步惡化。
藥物劑量過小
干擾素治療乙肝的合適劑量是300萬～600萬單位/隔日，出於對干擾素不良反應的擔憂，不少患者使用的劑量偏小，而300萬單位/隔日以下的劑量，往往起不到治療效果，反而會贻誤病情，甚至產生耐藥性。
用藥過多、過雜
治療用藥需要少而精，並非藥吃得越多，病情就恢復得越早，不少乙肝患者用藥過多、過雜，例如同時口服和注射多種降酶藥，一旦停藥，病情容易出現 “反彈”;有的患者在住院期間使用的藥物多達20余種，加上口服的中藥復方，藥味更多，出現藥物不良反應和藥物拮抗作用的機會大大增加。
