在應用干擾素治療乙肝時，需要注意兩個方面的問題：
(1)劑量；多年以前剛開始使用干擾素時，劑量一般都比較小，每次100萬單位。雖然病人副反應比較輕，但療效卻不好。以後多年來，國內外的常規劑量是300萬單位／次，隔日一次，療效較前有了明顯的提高。近年來開始有人應用更大劑量的干擾素， 如500萬～1000萬單位，療效較以前又有所提高。 目前認為，在1000萬單位的范圍內，提高劑量可以 提高療效，但副反應也隨之增加。當單次劑量超過 1000萬單位時，副反應過大，病人不容易耐受，而且療效也未見進一步提高。亞洲人種由於體型較小，也不適合用更大劑量。所以現在比較流行的觀點是 500－600萬單位／次，隔日一次，比較合適。也有人 主張最初1～2周可以每日—次，然後再改為隔日一 次，療效可能會更好。當然，如果因為經濟問題，或 因副反應問題而不能耐受更大劑量的干擾素那麼每次 300萬單位的劑量也是可以的。或者先用100萬單位的劑量誘導耐受，然後逐漸增加劑量到常規量。總之，干擾素的劑量要個體化，因人而異，以能夠平安 耐受為准。如果不能耐受干擾素的副作用，那麼就談不上療效的問題了。
(2)療程；最初干擾素治療的療程多為三個月，但大量的療程觀察表明，三個月的療程為時太短，很多病人還未來得及顯出療效便已停藥。在干擾素治療乙肝時，早期常常表現為轉氨酶升高，此為干擾素的“治療反應”。待干擾素的療效出：現後，轉氨酶開始下降一伴以上。所以現在要求隨著病毒復制指標的陰轉。這整個過程往往需要半年的干擾素療程最好在6個月或以上，能到10～12個月更好。過去在治療三個月時常常做化驗看看轉氨酶和病毒指標的情況，如病毒復制指標沒有陰轉，轉氨酶仍然升高，則判定為干擾素無效，停止用藥。現在認為以三個月為限，判定療效時間太短，很多病人只要堅持用下去還會奏效的。提前放棄治療對病人不利。所以現在的觀點是只要病人能夠耐受干擾素的副作用，只要肝功能未出現明顯惡化，就可以將療程再延長下去，可達一年以上。個別成功的病例甚至在用藥的兩年後才出現長期穩定的療效。對療效的觀察目前提倡治療前後的兩次肝活檢，因為觀察肝細胞壞死是否減輕，肝纖維化是否減輕，比之觀察轉氨酶是否下降，病毒復制指標是否陰轉更具有實際意義。肝纖維化的進展才是肝病進展的核心，而轉氨酶和病毒指標只是——些表面的東西。阻斷了肝硬化，阻斷了肝癌的發生，就是我們目前所能得到的最好結果了。
