首先，干擾素治療開始階段多有發熱、肌肉痛等類感冒樣症狀，可給撲熱息痛、消炎痛等解熱鎮痛劑對症處理，也可晚上注射，大部分病人症狀可逐漸減輕，並不影響治療。
有些病人還會出現外周血白細胞和血小板一過性降低，停藥後可自行恢復。這些副作用一般多可耐受，停藥後即可消失，少有被迫停藥而中斷治療者。多年來臨床應用表明，α-干擾素是一種比較安全的生物制劑，無明顯和永久的毒副作用。
此外，α-干擾素治療過程中，對干擾素有應答的病人常出現alt升高，這是預後較好的一種反應。但alt升高過程中應定期觀察alt的升高程度和有無出現黃疸，若出現黃疸說明炎症反應過於激烈，肝細胞破壞較嚴重，這時應停用干擾素，待黃疸消退後再繼續用藥。
