慢乙肝的發病機制復雜，目前仍未完全闡明。乙肝病毒的持續存在和不斷復制是導致病情進行性發展的關鍵原因。因此，抗乙肝病毒治療是慢乙肝治療的重要方面。抗病毒治療要達到的根本目的就是清除或永久抑制乙肝病毒的復制、從而減輕或終止肝髒炎症、壞死和纖維化。
抗乙肝病毒治療的常用有效藥物包括干擾素、核苷類似物及其它（如中藥苦參的提取物等）抗病毒藥物。
干擾素是一種多功能糖蛋白，具有抗病毒、抗腫瘤和免疫調節等作用。人體內的干擾素由於氨基酸組成的不同，可分為α、β、γ三種，分別由白細胞、成纖維細胞和免疫淋巴細胞產生。α干擾素是目前國內外公認有效的抗乙型肝炎病毒藥物。α干擾素有20多個亞型，α1、α2、α3等；每一亞型又因個別氨基酸不同，可分為α1a、α1b、α2a、α2b等。目前用於乙肝治療的α干擾素主要是基因工程技術產生的，單一亞型的α干擾素。常用的有α1b、α2a、α2b。
α干擾素抗乙肝病毒機制包括調節機體免疫功能和產生抗病毒蛋白等。α干擾素與細胞膜上的干擾素受體結合，經細胞內信號系統傳遞信息、活化抗病毒蛋白基因，產生抗病毒蛋白。抗病毒蛋白可阻止病毒核酸復制、蛋白合成，從而達到抗病毒的目的。免疫調節功能是指α干擾素增強免疫殺傷細胞的活性、提高細胞免疫功能等作用。
α干擾素抗乙肝病毒治療的有效率約為50％－60％，α2b干擾素的療效稍好，但並非所有的乙肝病毒感染者均可應用α干擾素治療。有乙肝病毒的復制（即hbeag和hbv－dna陽性）和alt升高（80－400iu／l）的慢性乙肝患者，應立即開始治療。對有乙肝病毒復制的代償性肝硬化患者，用α干擾素進行抗病毒治療時，必須在專科醫師的指導下，從小劑量開始、觀察病情變化、逐漸加量。不應給予重型肝炎或失代償性肝硬化患者α干擾素治療，因其可引起肝功能衰竭和嚴重的繼發感染。對慢性乙肝病毒攜帶者不宜用α干擾素治療，因為患者體內對乙肝病毒處於免疫耐受狀態，α干擾素治療效果很差。
α干擾素均為注射針劑。患者應用後最常見的不良反應為感冒樣不適：發熱、頭痛、全身不適和關節酸痛；常發生於注射後頭3－5次。其次為白細胞和血小板減少。其他包括消化道反應（如食欲不振、惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉等）、精神神經症狀（如抑郁、緊張、易激惹、煩燥、失眠等）、脫發、皮膚瘙癢、皮疹等。這些不良反應一般在停藥後即可消失，早期發現是關鍵。國內現有的α干擾素均為短效干擾素。劑量為3mu~5mu，隔1天注射一次或一周注射三次，6個月為一個療程。
在美國和歐盟國家，長效干擾素已於2000年用於抗乙肝病毒治療。長效干擾素（peg－ifnα，聚乙二醇α干擾素）是α干擾素與大分子物質聚乙二醇結合，從而延長α干擾素的半衰期、使血清中α干擾素有效濃度維持時間延長、延緩α干擾素從腎髒的排洩和降解。同時，由於聚乙二醇的聯結和包裹，不易產生干擾素抗體。所以，療效較一般α干擾素好，而且每周只需注射1次，使用方便。
抗乙肝病毒藥物的核苷類似物有：拉米夫丁、膦甲酸鈉、單磷酸阿糖腺苷等。核苷類似物的發展很快。其他藥物還有：苦參素、苦參鹼等。
我國的慢乙肝患者人數眾多，尚無抗乙肝病毒的特效藥物，患者常需數個療程的治療，而目前的抗乙肝病毒藥物均為自費藥物。因此，患者應根據自己的病情和經濟狀況，在專科醫師的指導下，選擇合適的治療時機和治療藥物，進行規則治療，在節省藥費的同時以期取得良好療效。
