總目標分為兩種，即近期和遠期目標。
近期目標：目前據美國肝病學會和歐洲肝病學會抗乙肝療效共識，均推薦病毒定量終點為保持＜105copies/ml，使病人處於非活動性HBsAg攜帶狀態；對HBeAg陽性病人則需要達到HBeAg/抗HBe長期保持血清轉換狀態（即HBeAg轉為陰性，抗HBe轉為陽性）；ALT保持正常和肝組織學指數好轉（僅有陳舊性病變或輕微炎症）。
遠期目標：預防發展成肝硬化和肝細胞癌，提高病人生活質量。
從這兩種目標分析，前者為前提，後者是結果，只有通過抗乙肝病毒治療，使處於乙肝病毒明顯復制的肝炎病人，轉為乙肝病毒無明顯復制的非活動性HBsAg攜帶者，這樣即可減緩甚至是終止向肝硬化和肝細胞癌發展的進程，從而提高病人的生活質量。因此說，對乙肝治療不能鼠目寸光，要看得遠，當防“近視”著重遠期目標。
如果拘泥於幾個陽性未消，就總覺得不踏實，憂心忡忡，這對病情康復十分不利。殊不知在HBV五項指標中除HBeAg（e抗原）外，其余四項如有陽性，尤以抗HBs（表面抗體）陽性是最好的，這是一種對HBV具有保護作用的抗體；抗HBe（e抗體）陽性次之，是療效較為鞏固的標志；抗HBc（核心抗體）陽性與否臨床意義不大；HBsAg（表面抗原）轉陰了，則提示抗乙肝病毒治療已具備了完全應答的條件（是抗乙肝病毒治療效果最好的一種），是療效最為鞏固的表現。可見，從抗乙肝病毒來講，目前並不強求其都要陰轉。
