感染乙肝病毒後，病毒在肝細胞中復制繁殖，血清中則可檢出與乙肝病毒感染相關的各種抗原抗體，常規可檢出的為：1.表面抗原(hbsag)；2.表面抗體(hbsab)；3.e抗原(hbeag)；4.e抗體(hbeab)；5.抗核抗體(hbeab)。以上抗原抗體的檢測俗稱“乙肝五項檢查”，是檢查有無乙肝病毒感染的最主要指標。其中1、3、5項陽性，俗稱“大三陽”；1、4、5項陽性，俗稱“小三陽”。
以前認為“大三陽”表示乙肝病毒感染，復制活躍。“小三陽”則表示肝炎病情好轉，乙肝病毒復制停止。最近，大量研究表明慢性乙型肝炎病人出現由“大三陽”轉向“小三陽”的現象，並不意味著乙肝病毒復制完全停止，大多數情況下只表示乙肝病毒復制減少。少數“小三陽”的病人其血清乙肝病毒復制活躍，病情較嚴重，病情進展迅速。
幼兒感染乙肝病毒後的十余年間，病毒和機體“和平共處”，“乙肝五項”表現為“大三陽”，反映了機體中病毒在不斷復制繁殖，但肝髒損害通常較輕，有相當一部分被感染者，尤其是女性被感染者，病毒可長期或終身和機體“和平共處”，此時雖然機體長期攜帶了乙肝病毒，而肝髒損害較輕，可以生活到50～70歲以上，沒有明顯症狀，並不一定因肝髒疾病病故。
更多的被感染者在13～23歲，由於機體免疫系統的成熟，能識別受感染的肝細胞而出現清除受感染肝細胞的反應。這是機體自身的保護反應，其結果是大量病毒被清除，而同時被感染的肝細胞也遭到破壞，此反復的清除、破壞過程，也就是機體自身的自限性愈復(自愈)過程。若干年後病毒基本清除，血清中的e抗體出現，e抗原相繼消失，就從“大三陽”轉成了“小三陽”。由此可見，“大三陽”轉成“小三陽”的過程，對大部分的乙型肝炎病人(變異株感染除外)來說象征著病毒被基本清除，或者說基本自愈，將來不會再有肝炎活動，若被感染者在25～30歲前完成了此過程，則將來基本不會發生肝硬化、肝癌了。
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