即使沒有症狀，肝功正常，也需要治療，但不一定服用藥物，飲食、運動和消除不良嗜好也可奏效。 由於脂肪肝和病因和發病機制較為復雜，因此，迄今尚未找到治療脂肪肝的特效藥。藥物在脂肪肝的治療中只是起輔助作用，脂肪肝患者不應對藥物治療產生幻想，把希望寄托在藥物上而不重視其他療法。大多數降脂藥物對肝內脂肪消除作用有限，許多降脂藥可以導致肝細胞損傷，因此降脂藥在脂肪肝治療中的作用和地位尚有爭論。
脂肪肝治療仍以綜合療法為主。 此病復發率極高，需要長期綜合治療，療程6mo-1a，或概括臨床情況按需進行以鞏固療效。 目前認為脂肪肝時常伴有細胞生物膜內脂質含量及組成的變化，磷脂尤其是多不飽和卵磷脂對已破壞的肝細胞膜結構可以進行修復，保持細胞膜的穩定促進肝細胞再生，故稱之為生物膜保護劑，也可促進肝細胞內膽固醇和甘油三酯轉換成為可轉移的形式並進行氧化代謝，減輕肝細胞變性、壞死，改善血液和肝髒的脂質代謝，常用的藥物如易善復等。
現在新的觀點主張治療脂肪肝的同時進行抗纖維化治療，根據一項研究表明脂肪肝可以演變為脂肪性肝炎和肝纖維化，而且這一過程可以逆轉的。 有良好前景的進入臨床應用的抗纖維化藥有中西藥物，基因轉移或反義核酸等技術。 中醫中藥占有的一席地位，不僅對症還可控制病因，去脂、降糖、解酒，促進肝內脂肪消退，減少肝細胞壞死、炎症和纖維化。
總之，用於防治脂肪肝藥物很多，大多數需要進一步驗證其療效和安全性。 最近研究認為炎症因子、腸源性內毒素血症和脂質過氧化與脂肪性肝炎進展有關，預料有可能應用阻止腫瘤壞死因子等細胞因子的釋放或拮抗其活性，保護肝細胞，提高機體抗氧化能力，或者應用抗內毒素制劑進行治療。
有些可溶性細胞因子受體和中和的抗細胞因子抗體，已被用於實驗性酒精性肝損傷及臨床酒精性肝病患者的治療。 但還需要進行嚴格的臨床驗證確定其是否真正安全有效。 肝移植是治療終末期肝病的方法，脂肪肝發展至終末期肝病，肝移植也不失為一種挽救患者生命的方法。
