目前對脂肪肝的治療仍以去除病因為主，在調整飲食的同時，可選擇適當的保肝、降脂藥物，並輔以對症治療。早期診斷、早期治療能有效地控制脂肪肝的進一步發展，並可使脂肪肝逆轉。目前脂肪肝的治療方法主要包括如下幾點：
(1)去除病因，治療原發病：去除病因，控制原發病對脂肪肝的防治至關重要。 尤須注意易被忽視的病因，如藥物副作用、毒物中毒、肉鹼缺乏狀態、甲狀腺功能亢進或減退、肝豆狀核變性(Wilson病)、重症貧血及心肺功能不全的慢性缺氧狀態等。
(2)調整飲食，糾正營養失衡：調整飲食是脂肪肝治療的重要環節。原則上應攝入新鮮蔬菜、瘦肉(以牛肉、羊肉為主)和富含親脂性物質的膳食，以使體重接近正常。需要注意的是，脂肪肝病人的飲食中仍要含適量的脂肪，並注意控制糖類的攝入。因為攝入不含脂肪食物時，機體仍可從糖類及氨基酸前身物質合成脂肪，而攝入過多的糖類(特別是甜食)又可增加胰島素分泌，促使糖轉化為脂肪。此外還應根據不同病因、不同病情確定飲食構成。
(3)增加運動：糾正不良行為及自我保健意識的教育，以維持理想體重及相對正常的血脂和血糖水平。運動治療對於肥胖病、糖尿病、高脂血症等所致脂肪肝的消退尤為重要。
(4)藥物治療：以促進肝內脂肪消退，防止肝細胞壞死、炎症及肝纖維化。膽鹼、蛋氨酸及維生素B族和一些血脂調整藥常被用來治療脂肪肝，但大多療效尚不確切，副作用較大， 如應用不當反可加劇肝內脂肪沉積，甚至導致病人肝功能不全或惡化，故脂肪肝的治療重在去除病因、控制飲食、增加運動、降低體重，藥物治療僅起輔助作用，切勿本末倒置。
(5)中醫中藥，辨證施治：許多中藥如丹參、川芎、決明子、山楂、澤瀉等對於脂肪肝有效，可按照中醫辨證施治的原則組方，以減輕症狀。但應注意中藥治療脂肪肝並非十分有效，且長期服用中藥也有毒副作用。
