在長期應用核苷(酸)類抗病毒藥物中需要檢查的項目及頻率，所有乙肝病人一定要認真執行：血常規、HBsAg/抗HBs、HBeAg/抗HBe、甲胎蛋白(AFP)、肝髒硬度測定值(LSM)腹部超聲等，每6個月檢測一次，直至治療結束。
生化指標(包括肝功能)、HBV DNA等每3-6個月檢測一次;服用替比夫定者應每3-6個月檢測一次肌酸激酶，服用替諾福韋和阿德福韋的病人應每3-6個月檢測一次肌酐和血磷。
在治療結束後，仍然需要在醫生指導下做定期檢測。檢測目的是為了評估治療效果、早期發現病情變化，並及時采取對應措施。
治療結束後的監測同樣重要，新版《指南》要求：
治療結束後，不論患者在抗病毒治療中是否獲得應答，在停藥後3個月內應每月檢測一次肝功能、乙肝病毒血清標志物(二對半)及HBV DNA，之後每3個月檢測一次上述項目，至少應監測一年，以便及時發現肝炎復發及肝功能惡化;
對於轉氨酶持續正常且HBV DNA低於檢測值下限者，至少半年進行一次HBV DNA、肝功能、AFP和超聲影像檢查;
對於轉氨酶正常但HBV DNA陽性者，需每6個月進行一次HBV DNA、AFP和超聲影像檢查；
對於肝硬化患者，應每3個月檢測一次AFP和腹部超聲顯像，必要時做CT或核磁共振，以期早期發現肝癌，被診斷肝硬化後，還應每1-2年進行胃鏡檢查，以觀察食管胃底靜脈有無曲張及其進展情況。
必須記住，停藥不是完事大吉，乙肝治療是一項“大工程”，治療中和停藥後的監測都屬於這項“大工程”的不可或缺的一部分。
