干擾素具有廣譜的抗病毒活性、抗腫瘤活性及免疫調節作用。近年來還發現干擾素可通過改善肝髒小葉間及門脈區的炎症達到間接地抗肝纖維化的作用。因此，長期應用干擾素不僅可以抑制病毒復制，降低傳染性，還可以減輕肝髒的炎症反應，減輕病理損害，同時可以防止慢性病毒性肝炎向肝硬化的發展，減少肝癌的發生。
但是，應用干擾素治療慢性乙肝時療效是有限的，現主張加大劑量（500萬單位至1000萬單位），延長療程至12個月，療效可能有所提高。在HBeAg陰轉後，其抗體（抗-HBe）可呈陽性，稱為e抗原抗體的血清轉換，即通常所說的“大三陽”變為“小三陽”了。
而乙肝表面抗原的陰轉率更低，僅為10%-15%。對於慢性乙肝患者，通過干擾素治療約有30％病人可獲得長期持續的療效，提高了生存質量和生存期，減少了肝硬化和肝癌的發生。急性乙肝因無特效的治療方法，HBV感染後約有10%轉為慢性HBV無症狀攜帶者；約有30%的患者在急性乙肝的過程中，由於干擾素活性低、不足以產生有效的內生干擾素，從而導致向慢性化發展，故主張可用干擾素治療急性乙肝，安全有效，明顯縮短了病程，提高了表面抗體的應答率。
對於丙型肝炎，目前公認的首選有效治療藥物還是干擾素，尤其對急性丙肝的療效較好，及時應用可防止慢性化發展，而所有的慢性丙肝均應爭取干擾素的及時應用。通常給予干擾素300萬單位，每周3次，療程至少6個月，最好延長至1年或更長。近期治療結束時的完全應答率（即轉按酶復常和HCV－RNA陰轉）為40-50%，加大劑量療效提高有限，而延長療程則有可能提高療效，減少復發。
