丙肝治療藥物可根據患者的具體情況進行適當休息、降酶、保肝、抗病毒及其他對症治療，其中最主要的治療當屬抗病毒治療。目前有一些肝病專科醫院采用傳統的中醫中藥進行辨症治療，取得了較好的臨床效果。
慢性丙型肝炎的治療，目前國內外公認有效的也只有干擾素，同樣應該早期治療，在急性丙型肝炎的恢復期，選用干擾素70%以上的患者可獲痊愈，這可使慢性丙型肝炎患者大大減少。若患者在急性期延誤了治療時間，則60%左右的感染者將發展為慢性丙型肝炎，以後自愈原可能性甚少。
由於干擾素單獨使用療效不能令人滿意，臨床上傾向聯合用藥。例如，丙肝治療藥物干擾素加胸腺肽或干擾素加病毒唑片（每片0.5克，每次0.3克，每日3-4次，宜小劑量開始，以減輕消化道反應），與單用干擾素40%左右的有效率相比，療效提高10%-20%。
世界上目前生產的第三代干擾素，是由科學家將向種天然產生的干擾素亞型的有效成分重組合成的一種干擾素，治療慢性丙型肝炎已證實有很好的療效，每次9-15微克，每周3次，療程12個月。
由此可見，阻斷慢性丙型肝炎的發展關鍵是進行病原治療，在控制和消滅病原的過程中，也應認識到必伴有肝組織的損害，因此對應用丙肝治療藥物干擾素治療的病人應重視病例選擇，治療過程中應定期隨訪，最好請有經驗的醫生動態觀察治療的反應、療效以及B超觀察肝髒的變化，以調整劑量和掌握療程。
